L'église en bois de l'Épiphanie du Seigneur a été érigée à l'emplacement des anciennes portes de Prolom au XVIIe siècle. En son honneur, la Nouvelle Sloboda, construite le long de la rue Prolomnaïa, a été appelée Sloboda de l'Épiphanie.

En 1701, près de l'église de l'Épiphanie, une église dédiée à André le Premier Appelé a été construite.

En 1731 et 1756, grâce aux marchands Ivan Afanassievitch Mikhliaev et Sergueï Alexandrovitch Tchernov, une église en pierre de l'Épiphanie et un clocher à bulbe ont été construits. Il est connu qu'en 1741, l'église a été gravement endommagée par un incendie, seules les murs ont survécu. Il est possible que la construction de l'église en pierre ait commencé après cet incident. L'achèvement de la construction est daté de 1756, lorsque la salle à manger a été ajoutée à l'église, augmentant considérablement son volume.

Ainsi, au XVIIIe siècle, un complexe architectural de l'église de l'Épiphanie a été formé, comprenant le temple principal, l'église d'hiver d'André le Premier Appelé au nord, un clocher à deux niveaux avec un sommet en bulbe sur l'actuelle rue Ostrovski, la maison du clergé à l'ouest et une autre maison donnant sur la grande rue Prolomnaïa, où se trouve maintenant le monument à Chaliapin.

Avant la révolution, la paroisse de l'église de l'Épiphanie était l'une des plus grandes de Kazan. Parmi les paroissiens, il y avait non seulement des citadins ordinaires, mais aussi des aristocrates et de grands entrepreneurs.

En 1917, le complexe comprenait trois églises : le temple principal froid en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur avec une chapelle dédiée à Saint Étienne, le temple chaud d'André le Premier Appelé avec une chapelle dédiée aux Saints Martyrs Michel de Tchernigov et Fiodor, ainsi qu'une église froide à autel unique, aménagée en 1902 au deuxième étage du nouveau clocher en mémoire de la troisième découverte de la tête de Jean le Précurseur.

À l'époque soviétique, de 1920 à 1935, l'église de l'Épiphanie a servi de cathédrale de la ville. Dans les années 1930, l'église d'André le Premier Appelé a été démolie, et à sa place se trouvait un zoo de Kazan, jusqu'à ce qu'un immeuble résidentiel de l'union des fourrures de Kazan soit construit dans les années 1950.

Après la fermeture du temple principal, ses locaux ont été utilisés comme entrepôt, et des boutiques et un atelier optique ont été installés dans le clocher.

Dans les années 1950, l'église de l'Épiphanie a été transformée en salle de sport de l'Université d'État de Kazan, ce qui a entraîné des changements significatifs : la décoration a été plâtrée et les dômes détruits.

En 1960, le clocher de la cathédrale de l'Épiphanie a reçu le statut de monument architectural protégé d'importance locale. En 1973, il a été rénové.

En 1995, la cathédrale de l'Épiphanie a été inscrite sur la liste des objets du patrimoine historique et culturel d'importance fédérale en tant que monument d'urbanisme et d'architecture.

En 1996 et 1997, la cathédrale de l'Épiphanie a été restituée à l'Église orthodoxe russe, et depuis lors, des services religieux y ont lieu quotidiennement.

Le clocher est resté sous la gestion du ministère de la Culture du Tatarstan et est utilisé comme salle d'exposition d'art ancien russe du Musée des beaux-arts de la République du Tatarstan. En 2001, une salle de concert de chambre a été ouverte dans le clocher, nommée salle Chaliapin.