Многие из действующих церквей Переславля расположены на святых местах, где в древности находились монастыри. Одной из таких является Смоленско-Корнильевская церковь на улице Гагарина в западной части города. До 1764 года здесь существовал мужской монастырь, известный как «Борисоглебский что на Песках». Предполагается, что он был основан в 1252 году после нашествия татар на Переславль и погребения здесь переславского воеводы Жидиславы и тверской княжны. Монастырь достиг расцвета в XVI веке, но в начале XVII века был разорен поляками, которые нанесли ему значительный ущерб. В 1642 году иеромонах Адриан восстановил обитель.

Борисоглебский монастырь связан с именем святого Корнилия Молчальника, в миру Конона, который родился в Переяславле-Рязанском в купеческой семье во второй половине XVII века. Оставив родной дом, он сначала жил в Лукьяновой пустыни, а затем перешел в Борисоглебский монастырь, где принял обет молчания. Корнилий умер в июле 1693 года, приняв перед смертью схиму. Вскоре на средства царевны Натальи Алексеевны началось строительство каменного храма в честь Смоленской иконы Божьей Матери с приделом Бориса и Глеба. В 1705 году мощи Корнилия были перенесены в новую церковь.

До 1744 года Борисоглебский монастырь находился в Синодальной области, а затем был приписан к Переславской епархии. В 1750 году он имел 48 душ крестьян и вносил 1 рубль 50 копеек на содержание семинарии в Переславле. В 1764 году монастырь был упразднен, а церковь стала приходской. При ней находилось кладбище, где были похоронены многие известные горожане, включая Городского Голову Андрея Алексеевича Темерина.

Смоленско-Корнильевская церковь с трапезной палатой, «покоями», корпусом келий и колокольней в основном сохранилась. Внимание привлекает богатый карниз келий и горизонтально расчлененные пилястры. Композиция церкви типична для конца XVII, начала XVIII века. В прошлом храм имел типичное убранство, включая иконостас с резными царскими вратами, изображающими осязание Воскресшего Спасителя Апостолом Фомой. В приделе справа от алтаря находилась гробница Преподобного Корнилия с его четками. Особо почитаемой была икона 7 спящих отроков. Постоянных прихожан насчитывалось более 100 человек. В отличие от многих других храмов, закрытых после 1917 года, Смоленско-Корнильевская церковь оставалась открытой почти до начала Великой Отечественной войны, а затем использовалась как склад. В 1960-е годы храмовый иконостас пострадал от пожара и был частично расхищен. До середины 1970-х годов в кельях и трапезной жили люди. В 1988 году обрушилась церковная колокольня.

В 1996 году Корнильевская церковь и мощи святого Корнилия были переданы Никольскому женскому монастырю.