В 1770 году в Саратове, который входил в состав Астраханской епархии, было открыто духовное мужское училище, известное как семинария. Однако уже в начале 1777 года, после открытия новой семинарии в Астрахани, саратовское училище было закрыто, и вопрос о духовном образовании в городе на долгое время был забыт, несмотря на многочисленные попытки его возродить. Образование Саратовской епархии в 1799 году, центром которой стала Пенза, не изменило ситуацию.

Только в 1820 году в Саратове было основано начальное духовное училище, а в 1830 году наконец открылась семинария. Торжественное открытие состоялось 26 октября (7 ноября) в Троицком соборе, после молебна участники прошли крестным ходом к соседнему зданию, которое было приобретено для семинарии Святейшим Синодом годом ранее. Занятия также проводились в другом особняке, где находилось общежитие семинарии.

В 1870-х годах было принято решение о строительстве нового здания, проект которого разработал архитектор Н. Н. Марков. Строительство началось в 1882 году и было завершено в 1885 году. В том же году епископ Павел освятил домовую церковь в семинарии. На нижнем этаже нового здания находились квартиры ректора и преподавателей, библиотека и другие помещения. В бельэтаже были классные комнаты и домовая церковь, а на верхнем этаже, спальни и умывальни. В 1894 году во дворе была построена колокольня, а в 1899 году создано Общество вспомоществования недостаточным воспитанникам семинарии.

Во время Первой русской революции в 1906 году воспитанники семинарии участвовали в протестах против решения Военного суда. Эти события привели к реформам в семинарии, инициированным епископом Гермогеном. В годы Первой мировой войны здание семинарии использовалось для нужд армии.

С приходом большевиков к власти в 1918 году семинария была закрыта, а её здание передано военной организации и партийным курсам. Позже в нём размещался педагогический институт. Семинария была возрождена только в 1947 году и разместилась в новом здании.

Историческое здание на улице Мичурина было возвращено семинарии в 2007 году благодаря усилиям епископа Лонгина. После масштабного ремонта к 2014 году здание было полностью восстановлено. Сегодня семинария предлагает очное и заочное обучение, имеет библиотеку и выпускает ежегодный сборник трудов. Для учащихся организуются паломнические поездки, а в преподавательский состав входят как священнослужители, так и миряне.

Среди известных выпускников семинарии, философ и революционер Н. Г. Чернышевский, а также другие выдающиеся личности, такие как востоковед Г. С. Саблуков и митрополиты Ювеналий, Иоанн, Серафим и другие.