En 1770, à Saratov, qui faisait partie de l'évêché d'Astrakhan, une école spirituelle masculine, connue sous le nom de séminaire, a été ouverte. Cependant, dès le début de 1777, après l'ouverture d'un nouveau séminaire à Astrakhan, l'école de Saratov a été fermée, et la question de l'éducation spirituelle dans la ville a été oubliée pendant longtemps, malgré de nombreuses tentatives de la raviver. La création de l'évêché de Saratov en 1799, dont le centre était Penza, n'a pas changé la situation.

Ce n'est qu'en 1820 qu'une école spirituelle élémentaire a été fondée à Saratov, et en 1830, le séminaire a enfin ouvert ses portes. L'inauguration solennelle a eu lieu le 26 octobre (7 novembre) dans la cathédrale de la Trinité, après la prière, les participants ont effectué une procession vers le bâtiment voisin, acquis pour le séminaire par le Saint-Synode un an auparavant. Les cours se tenaient également dans un autre manoir, où se trouvait l'internat du séminaire.

Dans les années 1870, il a été décidé de construire un nouveau bâtiment, dont le projet a été élaboré par l'architecte N. N. Markov. La construction a commencé en 1882 et a été achevée en 1885. La même année, l'évêque Pavel a consacré l'église de la maison dans le séminaire. Au rez-de-chaussée du nouveau bâtiment se trouvaient les appartements du recteur et des enseignants, la bibliothèque et d'autres locaux. Au premier étage se trouvaient des salles de classe et l'église de la maison, et au dernier étage, des dortoirs et des lavabos. En 1894, un clocher a été construit dans la cour, et en 1899, la Société d'aide aux élèves défavorisés du séminaire a été créée.

Pendant la Première Révolution russe en 1906, les élèves du séminaire ont participé aux manifestations contre la décision du tribunal militaire. Ces événements ont conduit à des réformes dans le séminaire, initiées par l'évêque Germogène. Pendant la Première Guerre mondiale, le bâtiment du séminaire a été utilisé pour les besoins de l'armée.

Avec l'arrivée des bolcheviks au pouvoir en 1918, le séminaire a été fermé, et son bâtiment a été transféré à une organisation militaire et à des cours de parti. Plus tard, il a été utilisé comme institut pédagogique. Le séminaire a été rétabli seulement en 1947 et a été installé dans un nouveau bâtiment.

Le bâtiment historique sur la rue Michurina a été restitué au séminaire en 2007 grâce aux efforts de l'évêque Longin. Après une vaste rénovation, le bâtiment a été entièrement restauré d'ici 2014. Aujourd'hui, le séminaire propose des formations en présentiel et à distance, dispose d'une bibliothèque et publie un recueil annuel de travaux. Des voyages de pèlerinage sont organisés pour les étudiants, et le corps professoral comprend à la fois des clercs et des laïcs.

Parmi les anciens élèves célèbres du séminaire, on trouve le philosophe et révolutionnaire N. G. Tchernychevski, ainsi que d'autres personnalités éminentes telles que l'orientaliste G. S. Sabloukov et les métropolites Juvenal, Ioann, Séraphim et d'autres.