En 1770, en Saratov, que formaba parte de la diócesis de Astracán, se abrió una escuela teológica masculina, conocida como seminario. Sin embargo, ya a principios de 1777, tras la apertura de un nuevo seminario en Astracán, la escuela de Saratov fue cerrada, y la cuestión de la educación teológica en la ciudad fue olvidada durante mucho tiempo, a pesar de numerosos intentos de revivirla. La educación de la diócesis de Saratov en 1799, cuyo centro fue Penza, no cambió la situación.

Solo en 1820 se fundó en Saratov una escuela teológica primaria, y en 1830 finalmente se abrió el seminario. La inauguración solemne tuvo lugar el 26 de octubre (7 de noviembre) en la catedral de la Trinidad; después de la oración, los participantes realizaron una procesión hacia el edificio vecino, que había sido adquirido para el seminario por el Santo Sínodo un año antes. Las clases también se llevaban a cabo en otra mansión, donde se encontraba el alojamiento del seminario.

En la década de 1870 se tomó la decisión de construir un nuevo edificio, cuyo proyecto fue desarrollado por el arquitecto N. N. Markov. La construcción comenzó en 1882 y se completó en 1885. Ese mismo año, el obispo Pablo bendijo la iglesia del seminario. En la planta baja del nuevo edificio se encontraban los apartamentos del rector y los profesores, la biblioteca y otras instalaciones. En el primer piso había aulas y la iglesia, y en el segundo piso, dormitorios y lavabos. En 1894 se construyó un campanario en el patio, y en 1899 se creó la Sociedad de Ayuda a los estudiantes necesitados del seminario.

Durante la Primera Revolución Rusa en 1906, los estudiantes del seminario participaron en protestas contra la decisión del tribunal militar. Estos eventos llevaron a reformas en el seminario, iniciadas por el obispo Germógen. Durante la Primera Guerra Mundial, el edificio del seminario se utilizó para las necesidades del ejército.

Con la llegada de los bolcheviques al poder en 1918, el seminario fue cerrado y su edificio fue entregado a una organización militar y a cursos del partido. Más tarde, se convirtió en un instituto pedagógico. El seminario fue revivido solo en 1947 y se ubicó en un nuevo edificio.

El edificio histórico en la calle Michurina fue devuelto al seminario en 2007 gracias a los esfuerzos del obispo Longin. Después de una amplia renovación, en 2014 el edificio fue completamente restaurado. Hoy en día, el seminario ofrece educación presencial y a distancia, cuenta con una biblioteca y publica un anuario de trabajos. Se organizan viajes de peregrinación para los estudiantes, y el cuerpo docente incluye tanto clérigos como laicos.

Entre los graduados notables del seminario se encuentran el filósofo y revolucionario N. G. Chernyshevsky, así como otras personalidades destacadas, como el orientalista G. S. Sablukov y los metropolitas Juvenal, Juan, Serafín y otros.