Im Jahr 1770 wurde in Saratow, das zur Diözese Astrachan gehörte, eine geistliche Männerschule eröffnet, die als Seminar bekannt war. Doch bereits zu Beginn des Jahres 1777, nach der Eröffnung eines neuen Seminars in Astrachan, wurde die Saratower Schule geschlossen, und die Frage der geistlichen Bildung in der Stadt wurde für lange Zeit vergessen, trotz zahlreicher Versuche, sie wiederzubeleben. Die Bildung der Saratower Diözese im Jahr 1799, deren Zentrum Penza wurde, änderte die Situation nicht.

Erst im Jahr 1820 wurde in Saratow eine Grundschule für Geistliche gegründet, und im Jahr 1830 wurde schließlich das Seminar eröffnet. Die feierliche Eröffnung fand am 26. Oktober (7. November) in der Dreifaltigkeitskathedrale statt, nach dem Gebet zogen die Teilnehmer in einem Kreuzgang zum benachbarten Gebäude, das ein Jahr zuvor vom Heiligen Synod für das Seminar erworben worden war. Der Unterricht fand auch in einem anderen Herrenhaus statt, in dem sich das Studentenheim des Seminars befand.

In den 1870er Jahren wurde beschlossen, ein neues Gebäude zu errichten, dessen Entwurf der Architekt N. N. Markov erstellte. Der Bau begann 1882 und wurde 1885 abgeschlossen. Im selben Jahr weihte Bischof Paul die Hauskapelle im Seminar. Im Erdgeschoss des neuen Gebäudes befanden sich die Wohnungen des Rektors und der Dozenten, die Bibliothek und andere Räumlichkeiten. Im Hochparterre waren die Klassenzimmer und die Hauskapelle untergebracht, und im oberen Stockwerk befanden sich Schlafräume und Waschgelegenheiten. 1894 wurde im Hof ein Glockenturm errichtet, und 1899 wurde die Gesellschaft zur Unterstützung bedürftiger Seminaristen gegründet.

Während der Ersten Russischen Revolution im Jahr 1906 beteiligten sich die Seminaristen an Protesten gegen die Entscheidungen des Militärgerichts. Diese Ereignisse führten zu Reformen im Seminar, die von Bischof Germogen initiiert wurden. In den Jahren des Ersten Weltkriegs wurde das Gebäude des Seminars für die Bedürfnisse der Armee genutzt.

Mit dem Machtantritt der Bolschewiki im Jahr 1918 wurde das Seminar geschlossen, und sein Gebäude wurde militärischen Organisationen und Parteikursen übergeben. Später wurde darin ein pädagogisches Institut untergebracht. Das Seminar wurde erst 1947 wiederbelebt und zog in ein neues Gebäude ein.

Das historische Gebäude in der Michurina-Straße wurde 2007 dank der Bemühungen von Bischof Longin an das Seminar zurückgegeben. Nach einer umfassenden Renovierung wurde das Gebäude bis 2014 vollständig restauriert. Heute bietet das Seminar Präsenz- und Fernunterricht an, verfügt über eine Bibliothek und veröffentlicht jährlich einen Sammelband von Arbeiten. Für die Schüler werden Pilgerreisen organisiert, und das Lehrpersonal besteht sowohl aus Geistlichen als auch aus Laien.

Zu den bekannten Absolventen des Seminars gehören der Philosoph und Revolutionär N. G. Tschernyschewski sowie andere herausragende Persönlichkeiten wie der Orientalist G. S. Sablukov und die Metropoliten Juvenalij, Ioann, Serafim und andere.