В день Рождества Богородицы в 1380 году состоялась битва на Куликовом поле, и с тех пор этот праздник приобрел особое значение в Руси. Поэтому вскоре после сражения в Москве был основан монастырь в честь Рождества Богородицы. Обитель была заложена в 1386 году княгиней Марией Кестутьевной, женой князя Андрея Серпуховского и матерью князя Владимира Храброго, участника битвы. Позже княгиня постриглась в монахини под именем Марфы и была похоронена на монастырском кладбище в 1389 году. Из-за расположения у реки Неглинной монастырь называли "на Трубе". Первоначально деревянный, с XVI века он стал каменным. Реконструкции продолжались до революции, и теперь монастырский ансамбль объединяет постройки от XVI до XX века.

Самое старое здание, собор Рождества Богородицы, центральная часть которого представляет собой крестовокупольный храм с одной главой. Он был построен в 1501-1505 годах и позже дополнен галереей с приделами и усыпальницей князей Лобановых-Ростовских. Западная часть галереи была создана в начале XX века архитектором Ф.О. Шехтелем. Ранее над правой апсидой собора находилась шатровая колокольня, но в 1835 году она была разрушена молнией. В 1835-1836 годах на ее месте была построена новая четырехъярусная колокольня с храмом во втором ярусе в память о сыне храмоздательницы. Теплая монастырская церковь Иоанна Златоуста известна с 1626 года, но современное здание было возведено в 1676-1687 годах на средства княгини Ф.И. Лобановой-Ростовской. В 1904-1906 годах у северной стены монастыря было построено здание в неорусском стиле для трапезной и школы. Также сохранились монастырские стены XVII века.

В 1525 году в монастыре была насильно пострижена под именем София жена великого князя Василия III, Соломония Сабурова. В 1670 году была построена усыпальница Лобановых-Ростовских, позже у нее появился второй этаж. Род Лобановых-Ростовских известен с конца XV века и существует до сих пор.

В 1920-х годах монастырь был закрыт, его здания использовались для жилья и контор. В 1989 году ансамбль передали Московскому Архитектурному институту, но через три года начался процесс передачи его православной общине. С 1993 года здесь снова действует монастырь, ведется реставрация, благодаря которой возродились собор и церкви. К 2018 году были отреставрированы фасады храмов и усыпальницы. Работы велись с 2017 года под контролем Мосгорнаследия. Храмы имеют статус объектов культурного наследия федерального значения. В 2020 году ансамбль стал лауреатом конкурса "Московская реставрация" за лучшие реставрационные проекты.