Точные документальные сведения о времени основания монастыря до наших дней не сохранились. Первым на берегу реки Устьи обосновался отшельник Федор, прибывший из-под Новгорода. Спустя три года к нему присоединился Павел, и вместе они стали первыми жителями нового мужского монастыря.

В 1363 году Сергий Радонежский прибыл на Ростовскую землю, чтобы уладить конфликты между местными князьями. Это было время, когда Русь укреплялась, готовясь к решающему удару по Орде. Для объединения княжеств и совместных действий начали строить монастыри-крепости по периметру Руси.

Федор и Павел обратились к Сергию Радонежскому за помощью в создании новой обители. Сергий, в свою очередь, убедил князя Константина Васильевича поддержать их. Монастырь посвятили святым князьям Борису и Глебу, особо почитаемым в Руси.

Обитель располагалась на северо-восточных границах Московского государства и быстро развивалась, привлекая монахов и ремесленников. Здесь построили первые деревянные церкви и кельи, а территорию окружили крепкой стеной, защищавшей от татар и польско-литовских захватчиков.

Слава о монастыре быстро распространилась, и паломники стекались сюда со всех сторон. Сергий Радонежский часто посещал обитель, а великий князь Василий II Темный нашел здесь убежище от преследования. В монастыре он крестил своего сына, будущего царя Ивана III.

Согласно преданию, в монастыре стал монахом легендарный Пересвет. Обитель пользовалась особым расположением правителей Руси, что способствовало ее процветанию. В результате монастырь стал одним из крупнейших землевладельцев в России, владея 360 поселениями и 22 000 десятин земли.

Особая страница истории монастыря связана с преподобным Иринархом (Ильей), который после 30 лет торговли принял постриг и вел жизнь затворника. За благословением Иринарха приезжали Кузьма Минин и Дмитрий Пожарский.

В XVIII веке монастырь процветал и стал центром Борисоглебских слобод, вокруг которых проводились ярмарки и развивались ремесла. Однако в конце века Екатерина II изъяла часть слобод в пользу графа Орлова, что привело к утрате многих ценностей и ослаблению обители.

С приходом советской власти монастырь был упразднен в 1924 году, а его помещения переданы Ростовскому музею. Многие иконы и колокола были уничтожены, но благодаря вмешательству Наркомпроса удалось сохранить звонницу. Богослужения продолжались до 1928 года.

С 1930-х годов в монастыре размещались различные учреждения, включая милицию и почту. Музей закрывали с 1954 по 1961 год, но затем ему вернули всю территорию, начав реставрационные работы.

В 1994 году часть территории передали православной церкви, а в 2015 году вся обитель перешла под ее управление.

Первые каменные постройки появились в XVI веке. Борисоглебский собор, заложенный в 1522 году по указу Василия III, приписывают архитектору Григорию Борисову. Собор многократно перестраивался, и во время реконструкции 1925 года были найдены свидетельства о его пятиглавом облике.

Каменная Благовещенская церковь также была построена в XVI веке как трапезный храм. Век спустя она подверглась значительным переделкам.

На территории сохранился двухэтажный настоятельский корпус XVI века, что было редкостью и свидетельствовало о богатстве обители. С севера расположен корпус для братии.

Кирпичная стена была возведена при Иване Грозном. В Смутное время она защищала от польско-литовских войск. Историки расходятся во мнениях о том, был ли монастырь захвачен или поляки отступили. Известно лишь, что после нашествия укрепления перестраивали.

Обитель украшают оборонительные стены с башнями и надвратные храмы Сергиевский и Сретенский. С монастырских укреплений открывается прекрасный вид на всю территорию и окрестности.