Ризоположенский монастырь был основан в начале XIII века епископом Иоанном Ростово-Суздальским. Он стал известен благодаря духовным подвигам преподобной Евфросинии Суздальской, в миру Феодулии, старшей дочери святого мученика Михаила, великого князя Черниговского. Хотя Евфросиния не занимала руководящих должностей в монастыре, её жизнь и подвиги значительно повысили его статус, сделав обитель лучшим женским монастырем на Руси. Ей было открыто будущее нашествие Батыя и разорение Суздаля, но благодаря её молитвам монастырь остался невредим.

Каменные постройки появились в монастыре в XVI веке. Первые сооружения XIII века не сохранились, самой ранней считается постройка Ризоположенского трехглавого собора, датированная первой половиной XVI века. Святые врата, служившие торжественным входом в монастырь, были возведены в 1688 году тремя суздальскими мастерами: И. Маминым, А. Шмаковым и И. Грязновым. В честь победы над французами в Отечественной войне 1812 года на территории монастыря под руководством суздальского каменщика Кузьмина была построена 72-метровая Преподобенская колокольня в 1813-1819 годах.

В XVIII веке монастырь пришёл в упадок из-за церковной реформы 1764 года, лишившей его вотчины, и сильного пожара 1769 года. Он был зачислен в штат по 2-му классу и получал 500 рублей в год от государства.

Расцвет монастыря пришёлся на 70-е годы XIX века и был связан с именем игумении Серафимы. В это время начались большие строительные работы. По проекту владимирского архитектора Артлебена в 1879-1881 годах была построена новая каменная зимняя Сретенская церковь, заменившая разобранную в 1878 году. В 1901 году в монастыре произошёл сильный пожар, уничтоживший все деревянные постройки и повредивший каменные. После этого были частично перестроены каменные здания, а вместо деревянных построек из красного кирпича возвели настоятельскую келью, церковно-приходскую школу и два келейных корпуса, а двор монастыря выложили булыжником.

В 1923 году ликвидационная комиссия закрыла монастырь, а его строения и имущество передали музейному отделу Главнауки. Однако с мая 1924 года по распоряжению Владимирского губисполкома в монастыре разместили особый дивизион войск ОГПУ для охраны суздальского политизолятора в Спасо-Евфимиевском монастыре.

До конца 1940-х годов монастырь использовался для охраны. В этот период на его территории появилась улица "Коммунальный городок". После вывода охраны здания монастыря стали использоваться как жилые помещения. В Ризоположенском соборе разместилась электростанция, в Сретенской церкви, кинотеатр, а в Трапезной палате, городской клуб.

В 1999 году монастырь был передан Русской Православной Церкви и возобновлён как женский монастырь Владимиро-Суздальской епархии.