Le monastère Rizopolozhensky a été fondé au début du XIIIe siècle par l'évêque Jean de Rostov-Souzdal. Il est devenu célèbre grâce aux exploits spirituels de la bienheureuse Euphrosinia de Souzdal, de son nom de laïc Théodoulia, la fille aînée du saint martyr Michel, grand-duc de Tchernigov. Bien qu'Euphrosinia n'ait pas occupé de postes de direction dans le monastère, sa vie et ses exploits ont considérablement rehaussé son statut, faisant de cette abbaye le meilleur monastère féminin de Russie. Elle a eu la vision de la future invasion de Batu et de la destruction de Souzdal, mais grâce à ses prières, le monastère est resté intact.

Des constructions en pierre ont vu le jour dans le monastère au XVIe siècle. Les premières structures du XIIIe siècle ne se sont pas conservées, la plus ancienne étant celle de la cathédrale Rizopolozhensky à trois dômes, datant de la première moitié du XVIe siècle. Les portes sacrées, servant d'entrée solennelle au monastère, ont été érigées en 1688 par trois maîtres souzdaliens : I. Mamin, A. Shmakov et I. Gryaznov. En l'honneur de la victoire sur les Français lors de la guerre patriotique de 1812, une cloche de 72 mètres a été construite sur le territoire du monastère sous la direction du maçon souzdalien Kuzmin entre 1813 et 1819.

Au XVIIIe siècle, le monastère est tombé en déclin à cause de la réforme ecclésiastique de 1764 qui l'a privé de ses biens, et d'un grand incendie en 1769. Il a été classé dans le 2e grade et recevait 500 roubles par an de l'État.

L'apogée du monastère a eu lieu dans les années 1870 et était liée au nom de l'abbesse Séraphima. À cette époque, de grands travaux de construction ont commencé. Selon le projet de l'architecte vladimirien Artleben, une nouvelle église d'hiver en pierre, l'église de la Rencontre, a été construite entre 1879 et 1881, remplaçant celle démolie en 1878. En 1901, un grand incendie a ravagé le monastère, détruisant tous les bâtiments en bois et endommageant les structures en pierre. Après cela, les bâtiments en pierre ont été partiellement reconstruits, et à la place des constructions en bois, des cellules pour le supérieur, une école paroissiale et deux corps de cellules en brique rouge ont été érigés, tandis que la cour du monastère a été pavée de pavés.

En 1923, la commission de liquidation a fermé le monastère, et ses bâtiments et biens ont été transférés au département muséal de Glavnouka. Cependant, à partir de mai 1924, par ordre du comité exécutif de la province de Vladimir, un détachement spécial de troupes de l'OGPU a été placé dans le monastère pour protéger l'isolement politique de Souzdal au monastère de Spaso-Euphimiyevsky.

Jusqu'à la fin des années 1940, le monastère a été utilisé pour la protection. Pendant cette période, une rue appelée "Quartier Communal" a été créée sur son territoire. Après le retrait de la protection, les bâtiments du monastère ont été utilisés comme logements. Une centrale électrique a été installée dans la cathédrale Rizopolozhensky, un cinéma dans l'église de la Rencontre, et un club de ville dans la salle de banquet.

En 1999, le monastère a été transféré à l'Église orthodoxe russe et a été rétabli en tant que monastère féminin du diocèse de Vladimir-Souzdal.