Das Rizopolozhensky-Kloster wurde zu Beginn des 13. Jahrhunderts von Bischof Ioann von Rostov-Suzdal gegründet. Es wurde bekannt durch die spirituellen Heldentaten der heiligen Euphrosinia von Suzdale, im weltlichen Leben Feodulia, der ältesten Tochter des heiligen Märtyrers Michael, des Großfürsten von Tschernigow. Obwohl Euphrosinia keine Führungspositionen im Kloster innehatte, erhöhte ihr Leben und ihre Taten erheblich dessen Status und machte die Abtei zum besten Frauenkloster in Russland. Sie hatte die zukünftige Invasion von Batu und die Zerstörung von Suzdale vorausgesehen, aber dank ihrer Gebete blieb das Kloster unversehrt.

Die steinernen Gebäude entstanden im 16. Jahrhundert. Die ersten Bauwerke aus dem 13. Jahrhundert sind nicht erhalten, das früheste gilt als der Rizopolozhensky Dreikapellen-Kathedrale, datiert auf die erste Hälfte des 16. Jahrhunderts. Die Heiligen Tore, die als feierlicher Eingang zum Kloster dienten, wurden 1688 von drei suzdalischen Meistern: I. Mamin, A. Shmakov und I. Gryaznov errichtet. Zu Ehren des Sieges über die Franzosen im Vaterländischen Krieg von 1812 wurde auf dem Gelände des Klosters unter der Leitung des suzdalischen Steinmetzes Kuzmin 1813-1819 der 72 Meter hohe Glockenturm der Heiligen Euphrosinia erbaut.

Im 18. Jahrhundert fiel das Kloster aufgrund der Kirchenreform von 1764, die es seiner Besitztümer beraubte, und eines schweren Brandes von 1769 in den Niedergang. Es wurde in die 2. Klasse eingestuft und erhielt jährlich 500 Rubel vom Staat.

Die Blütezeit des Klosters fiel auf die 70er Jahre des 19. Jahrhunderts und war mit dem Namen der Äbtissin Seraphima verbunden. In dieser Zeit begannen große Bauarbeiten. Nach dem Entwurf des Wladimirer Architekten Artleben wurde 1879-1881 eine neue steinerne Winter-Sreten-Kirche erbaut, die die 1878 abgerissene ersetzte. 1901 gab es im Kloster einen schweren Brand, der alle Holzgebäude zerstörte und die steinernen beschädigte. Danach wurden die steinernen Gebäude teilweise umgebaut, und anstelle der Holzgebäude wurden aus rotem Ziegel die Abtswohnung, die kirchliche Schule und zwei Zellenhäuser errichtet, während der Klosterhof mit Pflastersteinen ausgelegt wurde.

1923 schloss die Liquidationskommission das Kloster, und seine Gebäude und Besitztümer wurden der Museumsabteilung von GlavNauki übergeben. Doch ab Mai 1924 wurde auf Anordnung des Wladimirer Gubispolkoms im Kloster eine spezielle Division der OGPU-Truppen untergebracht, um den politischen Isolator in der Spaso-Euphimius-Kirche von Suzdale zu bewachen.

Bis Ende der 1940er Jahre wurde das Kloster zur Bewachung genutzt. In dieser Zeit entstand auf seinem Gelände die Straße "Kommunalstadt". Nach dem Abzug der Bewachung wurden die Gebäude des Klosters als Wohnräume genutzt. Im Rizopolozhensky-Kathedrale wurde ein Elektrizitätswerk untergebracht, in der Sreten-Kirche ein Kino und im Speisesaal ein Stadtclub.

1999 wurde das Kloster der Russischen Orthodoxen Kirche übergeben und als Frauenkloster der Wladimir-Suzdaler Diözese wiederhergestellt.