Раифская пустынь была основана в XVII веке отшельником Филаретом, который поселился в 27 км к северо-западу от Казани. После смерти родителей он раздал своё имущество бедным и стал монахом в московском Чудовом монастыре. Живя рядом с патриархом Гермогеном до его смерти, Филарет получил сан иеромонаха. Стремясь к уединению, он покинул Москву и отправился в низовые губернии по Волге, прибыв в Казань в 1613 году. Сначала он жил в Спасо-Преображенском монастыре Казанского кремля, а затем обосновался на берегу Раифского озера, построив келью. В те времена местные черемисы считали эти леса священными и проводили здесь языческие обряды.

Сочетание православия и язычества привело к тому, что марийцы распространили слух о святом человеке на берегу озера. Вскоре это место стало популярным среди казанских почитателей Филарета, и некоторые из них присоединились к нему, образовав монашеский скит. По указанию Филарета была построена часовня, согласно легенде, после видения одному из монахов.

Филарет скончался в 1659 году, а в 1661 году митрополит Лаврентий благословил основание монастыря, который получил название в честь Раифского монастыря на Красном море. В 1668 году в монастырь была привезена копия Грузинской иконы Божией Матери, ставшая главной святыней обители.

В 1918 году монастырь был закрыт, но храмы ещё использовались для богослужений. В 1930 году были арестованы и расстреляны последние иеромонахи, позже прославленные как преподобномученики Раифские. С 1930-х годов на территории монастыря размещалась тюрьма, затем колония для малолетних преступников.

В 1991 году монастырь вернули Русской православной церкви. Архимандрит Всеволод, первый наместник возрождённой обители, отмечал, что восстановление было чудом. В июне того же года была возвращена икона Божьей Матери «Грузинская», и состоялось первое богослужение. В 1990-х годах ансамбль обители был отреставрирован, и монашеская жизнь возобновилась. Сегодня в братии около 30 человек.

Монастырский вокальный квартет «Притча», созданный в 1993 году, получил широкую известность. С 1994 года при монастыре действует приют для мальчиков. В 1997 году монастырь посетил Патриарх Алексий II, освятив источник и часовню. С 2001 года издаётся газета «Раифский Вестник», а с 2011 года, сборник «Раифский Альманах». В 2005 году Банком России выпущена монета с изображением монастыря. С 2008 года действует гостиница «Дом паломника». В 2016 году обитель посетил Патриарх Кирилл. В 2018 году наместником стал иеромонах Гавриил Рожнов, а в 2019 году было получено благословение на строительство Никольского скита и создан Музей истории обители.

Восстановленный архитектурный ансамбль монастыря является значимым памятником древнерусской культуры в Среднем Поволжье, окружённым живописным Раифским озером и сосновым лесом, объявленным заповедным в 1960 году.