La desierto de Raifa fue fundada en el siglo XVII por el ermitaño Filaret, quien se estableció a 27 km al noroeste de Kazán. Tras la muerte de sus padres, repartió sus bienes entre los pobres y se convirtió en monje en el monasterio Chudov de Moscú. Viviendo cerca del patriarca Germogen hasta su muerte, Filaret recibió el rango de ieromonje. Buscando la soledad, dejó Moscú y se dirigió a las provincias bajas del Volga, llegando a Kazán en 1613. Al principio vivió en el monasterio de Spaso-Preobrazhensky del Kremlin de Kazán, y luego se estableció a orillas del lago Raifa, construyendo una celda. En esos tiempos, los cheremises locales consideraban estos bosques sagrados y realizaban aquí rituales paganos.

La combinación de ortodoxia y paganismo llevó a que los marienses difundieran rumores sobre un hombre santo en la orilla del lago. Pronto, este lugar se volvió popular entre los devotos de Filaret en Kazán, y algunos de ellos se unieron a él, formando un eremitorio monástico. Por orden de Filaret, se construyó una capilla, según la leyenda, después de una visión de uno de los monjes.

Filaret falleció en 1659, y en 1661 el metropolitano Lavrenti bendijo la fundación del monasterio, que recibió su nombre en honor al monasterio de Raifa en el Mar Rojo. En 1668, se trajo al monasterio una copia del ícono georgiano de la Madre de Dios, que se convirtió en la principal reliquia del monasterio.

En 1918, el monasterio fue cerrado, pero los templos aún se utilizaban para servicios religiosos. En 1930, fueron arrestados y fusilados los últimos ieromonjes, que más tarde fueron canonizados como los venerables mártires de Raifa. Desde la década de 1930, en el territorio del monasterio funcionó una prisión, luego una colonia para delincuentes juveniles.

En 1991, el monasterio fue devuelto a la Iglesia Ortodoxa Rusa. El archimandrita Vsevolod, el primer abad del monasterio renacido, señaló que la restauración fue un milagro. En junio de ese mismo año, se devolvió el ícono de la Madre de Dios "Georgiano", y se celebró el primer servicio religioso. En la década de 1990, el conjunto del monasterio fue restaurado y la vida monástica se reanudó. Hoy en día, hay alrededor de 30 personas en la comunidad monástica.

El cuarteto vocal del monasterio "Prichcha", creado en 1993, ganó amplia notoriedad. Desde 1994, funciona un refugio para niños en el monasterio. En 1997, el monasterio fue visitado por el Patriarca Alexio II, quien bendijo la fuente y la capilla. Desde 2001, se publica el periódico "Raifsky Vestnik", y desde 2011, la colección "Raifsky Almanac". En 2005, el Banco de Rusia emitió una moneda con la imagen del monasterio. Desde 2008, funciona el hotel "Casa del Peregrino". En 2016, el monasterio fue visitado por el Patriarca Cirilo. En 2018, el abad se convirtió en el ieromonje Gavriil Rozhnov, y en 2019 se recibió la bendición para la construcción del eremitorio de Nikolsky y se creó el Museo de la Historia del monasterio.

El conjunto arquitectónico restaurado del monasterio es un monumento significativo de la cultura rusa antigua en la región del Medio Volga, rodeado por el pintoresco lago Raifa y un bosque de pinos, declarado reserva en 1960.