La désert de Raïfa a été fondée au XVIIe siècle par l'ermite Philaret, qui s'est installé à 27 km au nord-ouest de Kazan. Après la mort de ses parents, il a distribué ses biens aux pauvres et est devenu moine au monastère de Tchoudov à Moscou. Vivant près du patriarche Germogène jusqu'à sa mort, Philaret a reçu le rang d'hiéromoine. Cherchant la solitude, il a quitté Moscou et s'est dirigé vers les provinces inférieures le long de la Volga, arrivant à Kazan en 1613. Au début, il a vécu au monastère de Spaso-Preobrazhensky du Kremlin de Kazan, puis s'est établi sur les rives du lac Raïfa, construisant une cellule. À cette époque, les Tchérémisses locaux considéraient ces forêts comme sacrées et y pratiquaient des rites païens.

La combinaison du christianisme orthodoxe et du paganisme a conduit les Mari à répandre des rumeurs sur un homme saint au bord du lac. Bientôt, cet endroit est devenu populaire parmi les admirateurs de Philaret à Kazan, et certains d'entre eux se sont joints à lui, formant un ermitage monastique. À l'initiative de Philaret, une chapelle a été construite, selon la légende, après une vision accordée à l'un des moines.

Philaret est décédé en 1659, et en 1661, le métropolite Laurent a béni la fondation du monastère, qui a été nommé en l'honneur du monastère de Raïfa sur la mer Rouge. En 1668, une copie de l'icône géorgienne de la Mère de Dieu a été amenée au monastère, devenant la principale relique de l'établissement.

En 1918, le monastère a été fermé, mais les églises étaient encore utilisées pour des services religieux. En 1930, les derniers hiéromoines ont été arrêtés et exécutés, plus tard glorifiés comme les saints martyrs de Raïfa. Depuis les années 1930, le territoire du monastère a abrité une prison, puis une colonie pour jeunes délinquants.

En 1991, le monastère a été restitué à l'Église orthodoxe russe. L'archimandrite Vsevolod, le premier supérieur de l'établissement restauré, a noté que la restauration était un miracle. En juin de la même année, l'icône de la Mère de Dieu « Géorgienne » a été restituée, et le premier service religieux a eu lieu. Dans les années 1990, l'ensemble de l'établissement a été restauré, et la vie monastique a repris. Aujourd'hui, la communauté compte environ 30 personnes.

Le quatuor vocal monastique « Pritcha », créé en 1993, a acquis une large notoriété. Depuis 1994, un foyer pour garçons fonctionne au monastère. En 1997, le patriarche Alexis II a visité le monastère, consacrant la source et la chapelle. Depuis 2001, le journal « Raïfaïski Vestnik » est publié, et depuis 2011, le recueil « Raïfaïski Almanakh ». En 2005, la Banque de Russie a émis une pièce représentant le monastère. Depuis 2008, l'hôtel « Maison du pèlerin » est en activité. En 2016, l'établissement a été visité par le patriarche Cyrille. En 2018, l'hiéromoine Gavriil Rozhnov est devenu supérieur, et en 2019, une bénédiction a été reçue pour la construction de l'ermitage de Nicolas et un musée de l'histoire de l'établissement a été créé.

L'ensemble architectural restauré du monastère est un monument significatif de la culture russe ancienne dans la région de la Volga moyenne, entouré du pittoresque lac Raïfa et d'une forêt de pins, déclarée réserve naturelle en 1960.