Die Raiifische Wüste wurde im 17. Jahrhundert von dem Einsiedler Philaret gegründet, der sich 27 km nordwestlich von Kasan niederließ. Nach dem Tod seiner Eltern verteilte er sein Vermögen an die Armen und wurde Mönch im Moskauer Chudow-Kloster. In der Nähe des Patriarchen Hermogen bis zu dessen Tod lebend, erhielt Philaret den Rang eines Hieromönchs. Auf der Suche nach Einsamkeit verließ er Moskau und reiste in die niederen Provinzen entlang der Wolga, wo er 1613 in Kasan ankam. Zunächst lebte er im Spaso-Transfiguration-Kloster des Kasaner Kremls, dann ließ er sich am Ufer des Raiifischen Sees nieder und baute eine Zelle. Zu dieser Zeit betrachteten die einheimischen Tscheremissen diese Wälder als heilig und führten dort heidnische Rituale durch.

Die Kombination aus Orthodoxie und Heidentum führte dazu, dass die Mariyler das Gerücht über einen heiligen Mann am Ufer des Sees verbreiteten. Bald wurde dieser Ort unter den Kasaner Verehrern Philarets populär, und einige von ihnen schlossen sich ihm an und bildeten eine Mönchsgemeinschaft. Auf Anweisung Philarets wurde eine Kapelle erbaut, angeblich nach einer Vision eines der Mönche.

Philaret starb 1659, und 1661 segnete Metropolit Lawrentius die Gründung des Klosters, das nach dem Raiifischen Kloster am Roten Meer benannt wurde. 1668 wurde eine Kopie des Georgischen Ikone der Gottesmutter in das Kloster gebracht, die zur Hauptheiligkeit der Abtei wurde.

1918 wurde das Kloster geschlossen, aber die Tempel wurden weiterhin für Gottesdienste genutzt. 1930 wurden die letzten Hieromönche verhaftet und erschossen, die später als heilige Märtyrer von Raiif verehrt wurden. Seit den 1930er Jahren befand sich auf dem Klostergelände ein Gefängnis, später eine Kolonie für jugendliche Straftäter.

1991 wurde das Kloster an die Russische Orthodoxe Kirche zurückgegeben. Der Archimandrit Wsewolod, der erste Abt der wiederbelebten Abtei, bemerkte, dass die Wiederherstellung ein Wunder war. Im Juni desselben Jahres wurde die Ikone der Gottesmutter „Georgisch“ zurückgegeben, und der erste Gottesdienst fand statt. In den 1990er Jahren wurde das Ensemble der Abtei restauriert, und das Mönchsleben wurde wieder aufgenommen. Heute gibt es etwa 30 Brüder in der Gemeinschaft.

Der Kloster-Vokalquartett „Prichcha“, gegründet 1993, erlangte große Bekanntheit. Seit 1994 gibt es im Kloster ein Heim für Jungen. 1997 besuchte Patriarch Alexius II. das Kloster, weihte die Quelle und die Kapelle. Seit 2001 wird die Zeitung „Raiifischer Bote“ herausgegeben, und seit 2011 der Sammelband „Raiifischer Almanach“. 2005 gab die Bank von Russland eine Münze mit dem Bild des Klosters heraus. Seit 2008 gibt es das Hotel „Haus der Pilger“. 2016 besuchte Patriarch Kirill die Abtei. 2018 wurde der Hieromönch Gabriel Roschnow zum Abt ernannt, und 2019 wurde die Erlaubnis zum Bau des Nikolai-Skits erhalten und das Museum der Geschichte der Abtei gegründet.

Das restaurierte architektonische Ensemble des Klosters ist ein bedeutendes Denkmal der altrussischen Kultur im mittleren Wolgagebiet, umgeben vom malerischen Raiifischen See und einem Kieferwald, der 1960 zum Naturschutzgebiet erklärt wurde.