Преображенская церковь стала первым храмом, возведённым в Горном Алтае в новейшее время. Она может считаться преемником главного храма центрального миссионерского стана Всемилостивого Спаса, который ранее находился в Улале.

Перед началом строительства храма община и городские власти долго вели переговоры. Власти не хотели выделять участок в черте города, особенно рядом со школой. Однако к 1988 году удалось достичь компромисса, и с помощью Бийского Свято-Успенского прихода началось строительство Преображенской церкви между улицами Трудовой и имени А. Матросова. Участок был завещан Церкви одной из прихожанок. 30 августа 1988 года в Горно-Алтайск прибыл настоятель прихода, священник Ростислав Кирашук, и богослужения стали проводиться регулярно, сначала в молитвенном доме, а с 24 октября 1989 года, в храме.

Великое освящение Преображенской церкви совершил епископ Новосибирский и Барнаульский Тихон 18 августа 1991 года.

В 1994 году была построена крестильная церковь Серафима Саровского, а в 2008 году, здание Воскресной школы. К двадцатилетию церкви Преображения Господня храм был обновлён, а территория благоустроена.

Интересно, что у храма есть архитектурная особенность: он не строго ориентирован по оси восток-запад. Это связано с тем, что здание вписывалось в частный сектор при ограниченном пространстве. Позднее хозяйственные постройки были возведены на месте выкупленной приходом соседней усадьбы.