Die Perejaslawer Kirche wurde zur ersten Kirche, die in der neueren Zeit im Altai-Gebirge errichtet wurde. Sie kann als Nachfolgerin der Hauptkirche des zentralen Missionsstandorts des Allbarmherzigen Erlösers angesehen werden, die zuvor in Ulala war.

Vor dem Beginn des Baus führten die Gemeinde und die Stadtverwaltung lange Verhandlungen. Die Behörden wollten kein Grundstück innerhalb der Stadt, insbesondere in der Nähe einer Schule, bereitstellen. Doch bis 1988 konnte ein Kompromiss erzielt werden, und mit Hilfe der Bischöflichen Heilig-Uspeh-Kirche begann der Bau der Perejaslawer Kirche zwischen den Straßen Trudovaya und A. Matrosov. Das Grundstück wurde der Kirche von einer der Gemeindemitglieder vermacht. Am 30. August 1988 kam der Pfarrer der Gemeinde, Priester Rostislav Kirashuk, nach Gorno-Altaisk, und die Gottesdienste wurden regelmäßig abgehalten, zunächst im Gebetshaus und ab dem 24. Oktober 1989 in der Kirche.

Die große Weihe der Perejaslawer Kirche wurde am 18. August 1991 von Bischof Tikhon von Nowosibirsk und Barnaul vollzogen.

Im Jahr 1994 wurde die Taufkirche des Seraphim von Sarow erbaut, und im Jahr 2008 das Gebäude der Sonntagsschule. Zum zwanzigjährigen Bestehen der Kirche der Verklärung des Herrn wurde der Tempel renoviert und das Gelände verschönert.

Interessanterweise hat die Kirche eine architektonische Besonderheit: Sie ist nicht strikt nach der Achse Ost-West ausgerichtet. Dies liegt daran, dass das Gebäude in den privaten Sektor bei begrenztem Raum integriert wurde. Später wurden Wirtschaftsgebäude an der Stelle des von der Gemeinde erworbenen benachbarten Anwesens errichtet.