L'église de la Transfiguration est devenue le premier temple construit en Gorno-Altaïsk à l'époque moderne. Elle peut être considérée comme le successeur du principal temple du centre missionnaire de Tous les Miséricordieux Sauveur, qui se trouvait auparavant à Ulala.

Avant le début de la construction de l'église, la communauté et les autorités municipales ont longtemps négocié. Les autorités ne voulaient pas allouer un terrain dans la ville, surtout à proximité d'une école. Cependant, en 1988, un compromis a été atteint, et avec l'aide de la paroisse de la Sainte Dormition de Biysk, la construction de l'église de la Transfiguration a commencé entre les rues Trudovaya et A. Matrosov. Le terrain a été légué à l'Église par l'une des paroissiennes. Le 30 août 1988, le prêtre Rostislav Kirashuk, responsable de la paroisse, est arrivé à Gorno-Altaïsk, et les services religieux ont commencé à être célébrés régulièrement, d'abord dans une maison de prière, puis à partir du 24 octobre 1989, dans l'église.

La grande consécration de l'église de la Transfiguration a été réalisée par l'évêque de Novossibirsk et de Barnaoul, Tikhon, le 18 août 1991.

En 1994, une église de baptême dédiée à Séraphim de Sarov a été construite, et en 2008, le bâtiment de l'école du dimanche. Pour le vingtième anniversaire de l'église de la Transfiguration du Seigneur, le temple a été rénové et le territoire a été aménagé.

Il est intéressant de noter que l'église a une particularité architecturale : elle n'est pas strictement orientée selon l'axe est-ouest. Cela est dû au fait que le bâtiment s'inscrivait dans un secteur résidentiel avec un espace limité. Plus tard, des constructions utilitaires ont été érigées à l'emplacement de la propriété voisine achetée par la paroisse.