La iglesia de la Transfiguración se convirtió en el primer templo construido en Gorno-Altaisk en tiempos recientes. Puede considerarse el sucesor del templo principal del asentamiento misionero del Salvador Misericordioso, que anteriormente se encontraba en Ulala.

Antes del inicio de la construcción del templo, la comunidad y las autoridades de la ciudad llevaron a cabo largas negociaciones. Las autoridades no querían ceder un terreno dentro de la ciudad, especialmente cerca de la escuela. Sin embargo, para 1988 se logró un compromiso, y con la ayuda de la parroquia de la Catedral de la Asunción de Biysk, comenzó la construcción de la iglesia de la Transfiguración entre las calles Trudovaya y A. Matrosov. El terreno fue legado a la Iglesia por una de las feligresas. El 30 de agosto de 1988, llegó a Gorno-Altaisk el rector de la parroquia, el sacerdote Rostislav Kirashuk, y los servicios religiosos comenzaron a celebrarse regularmente, primero en la casa de oración, y desde el 24 de octubre de 1989, en el templo.

La gran consagración de la iglesia de la Transfiguración fue realizada por el obispo de Novosibirsk y Barnaul, Tikhon, el 18 de agosto de 1991.

En 1994 se construyó la iglesia de bautismo de Serafim de Sarov, y en 2008, el edificio de la escuela dominical. Para el vigésimo aniversario de la iglesia de la Transfiguración del Señor, el templo fue renovado y el territorio mejorado.

Es interesante que la iglesia tiene una característica arquitectónica: no está estrictamente orientada en el eje este-oeste. Esto se debe a que el edificio se integraba en el sector privado con espacio limitado. Posteriormente, se construyeron edificaciones auxiliares en el lugar de la finca vecina adquirida por la parroquia.