В 1846 году православие пришло в один из старейших городов Эстонии, Вильянди, ранее известный как Феллин. По Указу Святейшего Синода здесь был открыт православный приход, и уже в следующем году построили деревянный храм, освященный в честь Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. Церковь была возведена из грубых неотесанных балок, оказалась небольшой и располагалась на болотистой местности.

В 1960 году старый деревянный храм разобрали, и приходу временно передали ризницу Яновской лютеранской церкви. Однако со временем помещение ризницы обветшало, и в Яновской церкви планировался капитальный ремонт. Митрополит Таллинский и Эстонский Алексий назначил протоиерея Вячеслава Селиверстова исполняющим обязанности настоятеля и поручил ему найти новое помещение для прихода.

Городские власти предложили здание бывшего морга. Архитектор Айли Лийк из Таллина, не будучи православной, бесплатно разработала проект перестройки, следуя указаниям отца Вячеслава. Были снесены все внутренние перегородки, удлинены окна, пристроены алтарная абсида и маленькая паперть, а на крышу установлен небольшой купол. Внутри разместили иконостас, киоты и изящную гробницу из закрытого храма. Здание обрело настоящий церковный облик и стало казаться, что оно давно украшает это место. В 1998 году храм был освящен архиепископом Корнилием.