Im Jahr 1846 kam das orthodoxe Christentum in eine der ältesten Städte Estlands, Viljandi, früher bekannt als Fellin. Auf Anordnung des Heiligen Synods wurde hier eine orthodoxe Gemeinde gegründet, und bereits im folgenden Jahr wurde eine hölzerne Kirche erbaut, die zu Ehren des Propheten, des Täufers und Vorläufers des Herrn Johannes geweiht wurde. Die Kirche wurde aus groben, unbehauenen Balken errichtet, war klein und befand sich in einem sumpfigen Gebiet.

Im Jahr 1960 wurde die alte Holzkirche abgerissen, und der Gemeinde wurde vorübergehend die Sakristei der Johanneskirche der Lutheraner übergeben. Mit der Zeit wurde der Raum der Sakristei jedoch baufällig, und in der Johanneskirche war eine umfassende Renovierung geplant. Der Erzbischof von Tallinn und Estland, Alexius, ernannte den Protopresbyter Wjatscheslaw Seliverstow zum kommissarischen Pfarrer und beauftragte ihn, einen neuen Raum für die Gemeinde zu finden.

Die Stadtverwaltung bot ein Gebäude des ehemaligen Leichenschauhauses an. Die Architektin Aili Liik aus Tallinn, die nicht orthodox war, entwarf kostenlos einen Umbauplan, der den Anweisungen von Vater Wjatscheslaw folgte. Alle inneren Trennwände wurden abgerissen, die Fenster verlängert, eine Altarapsis und ein kleiner Vorraum angebaut, und auf das Dach wurde eine kleine Kuppel gesetzt. Innen wurden ein Ikonostas, Kioske und ein elegantes Grab aus der geschlossenen Kirche untergebracht. Das Gebäude erhielt ein echtes Kirchenbild und es schien, als würde es diesen Ort schon lange schmücken. Im Jahr 1998 wurde die Kirche von Erzbischof Kornilij geweiht.