En 1846, el ortodoxismo llegó a una de las ciudades más antiguas de Estonia, Viljandi, anteriormente conocida como Fellin. Por decreto del Santo Sínodo, se abrió aquí una parroquia ortodoxa, y ya al año siguiente se construyó una iglesia de madera, consagrada en honor al Profeta, Precursor y Bautista del Señor Juan. La iglesia fue erigida con gruesas vigas sin labrar, resultó ser pequeña y estaba situada en un terreno pantanoso.

En 1960, la antigua iglesia de madera fue desmantelada, y la parroquia fue temporalmente trasladada a la sacristía de la iglesia luterana de Juan. Sin embargo, con el tiempo, el local de la sacristía se deterioró, y se planeaba una renovación importante en la iglesia de Juan. El metropolitano de Tallin y Estonia, Alexio, nombró al protoiereo Vyacheslav Seliverstov como encargado de la parroquia y le encomendó encontrar un nuevo local para la parroquia.

Las autoridades de la ciudad ofrecieron el edificio del antiguo mortuorio. La arquitecta Aili Liik de Tallin, que no era ortodoxa, diseñó gratuitamente el proyecto de remodelación, siguiendo las indicaciones del padre Vyacheslav. Se derribaron todas las particiones internas, se alargaron las ventanas, se añadieron el ábside del altar y un pequeño pórtico, y se instaló una pequeña cúpula en el techo. En el interior se colocaron el iconostasio, los quioscos y una elegante tumba de la iglesia cerrada. El edificio adquirió un verdadero aspecto de iglesia y parecía que había adornado este lugar desde hace mucho tiempo. En 1998, la iglesia fue consagrada por el arzobispo Cornelio.