En 1846, l'orthodoxie est arrivée dans l'une des plus anciennes villes d'Estonie, Viljandi, anciennement connue sous le nom de Fellin. Par décret du Saint-Synode, une paroisse orthodoxe a été ouverte ici, et dès l'année suivante, une église en bois a été construite, consacrée au Prophète, Précurseur et Baptiste du Seigneur Jean. L'église a été érigée avec des poutres brutes non rabotées, était petite et se trouvait dans une zone marécageuse.

En 1960, l'ancienne église en bois a été démolie, et la sacristie de l'église luthérienne de Jean a été temporairement attribuée à la paroisse. Cependant, avec le temps, la sacristie est devenue vétuste, et des travaux de rénovation étaient prévus à l'église de Jean. L'archevêque d'Helsinki et d'Estonie, Alexis, a nommé le prêtre Vyačeslav Seliverstov comme administrateur et lui a confié la tâche de trouver un nouveau local pour la paroisse.

Les autorités municipales ont proposé le bâtiment de l'ancienne morgue. L'architecte Aili Liik de Tallinn, bien qu'elle ne soit pas orthodoxe, a conçu gratuitement le projet de transformation, suivant les instructions du père Vyačeslav. Toutes les cloisons intérieures ont été démolies, les fenêtres allongées, une abside d'autel et un petit porche ont été ajoutés, et un petit dôme a été installé sur le toit. À l'intérieur, un iconostase, des kiots et un élégant tombeau provenant d'une église fermée ont été placés. Le bâtiment a acquis un véritable aspect d'église et il semblait qu'il ornait cet endroit depuis longtemps. En 1998, l'église a été consacrée par l'archevêque Cornelius.