История Русской православной церкви на Филиппинах началась в XX веке. В 1934 году, по просьбе русской диаспоры в Маниле, епископ Виктор (Святин), ответственный за Китай и Пекин, основал приход в честь Иверской иконы Божией Матери. Этот приход действовал до 1945 года, когда храм был разрушен снарядом.

В 1949 году на необитаемом острове Тубабао нашли временное убежище 5500 русских беженцев из Шанхая, спасавшихся от китайских коммунистов. В апреле того же года на остров прибыл епископ Шанхайский Иоанн (Максимович), который посвятил три месяца заботе о своей пастве. На острове были быстро обустроены две палаточные церкви в лагере и третья, в здании бывшей американской военной церкви, предоставленном филиппинскими властями. Русская община оставалась на Тубабао до конца 1951 года. В 2013 году на месте утраченного храма в честь Пресвятой Богородицы, где служил святитель Иоанн, была построена одноимённая часовня.

В марте 2014 года представители Независимой католической церкви Минданао, одной из деноминаций Независимой филиппинской церкви, обратились к патриарху Московскому и всея Руси Кириллу с просьбой принять их в православие. Это решение было принято после визитов священника Кирилла Шкарбуля, который привозил гуманитарную помощь пострадавшим от тайфуна Йоланда в ноябре 2013 года. В результате миссионерских поездок священников Георгия Максимова и Кирилла Шкарбуля на Минданао появились новые приходы Русской православной церкви. Были проведены массовые крещения филиппинцев в океане, включая крещение 21 августа 2015 года в Ладоле 239 человек, включая аглипаянскую общину с двумя епископами и четырьмя священниками, которые были приняты в православие как миряне.

Сегодня большинство православных филиппинцев, численностью около полутора тысяч, проживают на острове Минданао.

10 февраля 2016 года в Отделе внешних церковных связей Московского патриархата прошло первое заседание рабочей группы по вопросам миссионерской деятельности Русской православной церкви на Филиппинах.

28 декабря 2018 года приходы Московского Патриархата на Филиппинах стали частью Патриаршего экзархата в Юго-Восточной Азии. 26 февраля 2019 года в рамках экзархата была образована Филиппинско-Вьетнамская епархия.