La historia de la Iglesia Ortodoxa Rusa en Filipinas comenzó en el siglo XX. En 1934, a petición de la diáspora rusa en Manila, el obispo Víctor (Sviatin), responsable de China y Pekín, fundó una parroquia en honor a la icono de la Madre de Dios de Iver. Esta parroquia funcionó hasta 1945, cuando el templo fue destruido por un proyectil.

En 1949, en la isla deshabitada de Tubabao, se encontró refugio temporal para 5500 refugiados rusos de Shanghái, que huían de los comunistas chinos. En abril de ese mismo año, llegó a la isla el obispo de Shanghái Juan (Maximovich), quien dedicó tres meses a cuidar de su rebaño. En la isla se establecieron rápidamente dos iglesias de campaña en el campamento y una tercera, en el edificio de una antigua iglesia militar estadounidense, proporcionada por las autoridades filipinas. La comunidad rusa permaneció en Tubabao hasta finales de 1951. En 2013, en el lugar del templo perdido en honor a la Santísima Virgen, donde sirvió el santo Juan, se construyó una capilla del mismo nombre.

En marzo de 2014, representantes de la Iglesia Católica Independiente de Mindanao, una de las denominaciones de la Iglesia Filipina Independiente, se dirigieron al Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Cirilo, con la solicitud de ser aceptados en la ortodoxia. Esta decisión fue tomada tras las visitas del sacerdote Kirill Shkarbul, quien llevó ayuda humanitaria a los afectados por el tifón Yolanda en noviembre de 2013. Como resultado de los viajes misioneros de los sacerdotes Georgiy Maximov y Kirill Shkarbul, surgieron nuevas parroquias de la Iglesia Ortodoxa Rusa en Mindanao. Se llevaron a cabo bautismos masivos de filipinos en el océano, incluyendo el bautismo el 21 de agosto de 2015 en Ladol de 239 personas, incluyendo a la comunidad aglipayana con dos obispos y cuatro sacerdotes, quienes fueron aceptados en la ortodoxia como laicos.

Hoy en día, la mayoría de los filipinos ortodoxos, que suman alrededor de mil quinientos, viven en la isla de Mindanao.

El 10 de febrero de 2016, se llevó a cabo la primera reunión del grupo de trabajo sobre la actividad misionera de la Iglesia Ortodoxa Rusa en Filipinas en el Departamento de Relaciones Exteriores de la Iglesia del Patriarcado de Moscú.

El 28 de diciembre de 2018, las parroquias del Patriarcado de Moscú en Filipinas se convirtieron en parte del Exarcado Patriarcal en el Sudeste Asiático. El 26 de febrero de 2019, se formó la Diócesis Filipina-Vietnamita dentro del exarcado.