L'histoire de l'Église orthodoxe russe aux Philippines a commencé au XXe siècle. En 1934, à la demande de la diaspora russe à Manille, l'évêque Victor (Sviatin), responsable de la Chine et de Pékin, a fondé une paroisse en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de l'Iver. Cette paroisse a fonctionné jusqu'en 1945, lorsque le temple a été détruit par un obus.

En 1949, 5500 réfugiés russes de Shanghai, fuyant les communistes chinois, ont trouvé refuge sur l'île inhabitée de Tubabao. En avril de la même année, l'évêque de Shanghai Jean (Maximovitch) est arrivé sur l'île, où il a consacré trois mois à prendre soin de son troupeau. Deux églises de tentes ont été rapidement aménagées dans le camp, ainsi qu'une troisième dans le bâtiment d'une ancienne église militaire américaine, fourni par les autorités philippines. La communauté russe est restée à Tubabao jusqu'à la fin de 1951. En 2013, une chapelle du même nom a été construite à l'emplacement du temple perdu en l'honneur de la Sainte Vierge, où le saint Jean avait officié.

En mars 2014, des représentants de l'Église catholique indépendante de Mindanao, l'une des dénominations de l'Église philippine indépendante, ont demandé au patriarche de Moscou et de toute la Russie Cyrille de les accueillir dans l'orthodoxie. Cette décision a été prise après les visites du prêtre Kirill Shkarbul, qui avait apporté une aide humanitaire aux victimes du typhon Yolanda en novembre 2013. À la suite des voyages missionnaires des prêtres Georgy Maximov et Kirill Shkarbul, de nouvelles paroisses de l'Église orthodoxe russe ont vu le jour à Mindanao. Des baptêmes de masse de Philippins dans l'océan ont été réalisés, y compris le baptême de 239 personnes le 21 août 2015 à Ladol, y compris la communauté aglipayan avec deux évêques et quatre prêtres, qui ont été accueillis dans l'orthodoxie en tant que laïcs.

Aujourd'hui, la majorité des Philippins orthodoxes, environ 1500, vivent sur l'île de Mindanao.

Le 10 février 2016, la première réunion du groupe de travail sur les questions de mission de l'Église orthodoxe russe aux Philippines a eu lieu au Département des relations ecclésiastiques extérieures du Patriarcat de Moscou.

Le 28 décembre 2018, les paroisses du Patriarcat de Moscou aux Philippines sont devenues partie de l'Exarchat patriarcal en Asie du Sud-Est. Le 26 février 2019, l'Éparchie philippino-vietnamienne a été créée dans le cadre de l'exarchat.