Die Geschichte der Russisch-Orthodoxen Kirche auf den Philippinen begann im 20. Jahrhundert. 1934 gründete Bischof Viktor (Swjatyn), verantwortlich für China und Peking, auf Anfrage der russischen Diaspora in Manila eine Gemeinde zu Ehren des Iwerischen Ikone der Gottesmutter. Diese Gemeinde bestand bis 1945, als die Kirche durch einen Granatbeschuss zerstört wurde.

1949 fanden 5500 russische Flüchtlinge aus Shanghai, die vor den chinesischen Kommunisten flohen, auf der unbewohnten Insel Tubabao vorübergehenden Schutz. Im April desselben Jahres kam Bischof Johannes (Maximowitsch) von Shanghai auf die Insel, der drei Monate damit verbrachte, sich um seine Gemeinde zu kümmern. Auf der Insel wurden schnell zwei Zeltkirchen im Lager und eine dritte in einem Gebäude der ehemaligen amerikanischen Militärkirche, das von den philippinischen Behörden zur Verfügung gestellt wurde, eingerichtet. Die russische Gemeinde blieb bis Ende 1951 auf Tubabao. 2013 wurde an der Stelle der verlorenen Kirche zu Ehren der Heiligen Gottesmutter, in der der Heilige Johannes diente, eine gleichnamige Kapelle erbaut.

Im März 2014 wandten sich Vertreter der Unabhängigen Katholischen Kirche von Mindanao, einer der Konfessionen der Unabhängigen Philippinischen Kirche, an den Patriarchen von Moskau und ganz Russland, Kyrill, mit der Bitte, sie in die Orthodoxie aufzunehmen. Diese Entscheidung wurde nach den Besuchen von Priester Kirill Schkarbulya getroffen, der im November 2013 humanitäre Hilfe für die von Taifun Yolanda Betroffenen brachte. Infolge der missionarischen Reisen der Priester Georgij Maximow und Kirill Schkarbulya entstanden neue Gemeinden der Russisch-Orthodoxen Kirche auf Mindanao. Es wurden Massen-Taufen von Philippinern im Ozean durchgeführt, einschließlich der Taufe von 239 Personen am 21. August 2015 in Ladol, darunter die Aglipayan-Gemeinde mit zwei Bischöfen und vier Priestern, die als Laien in die Orthodoxie aufgenommen wurden.

Heute leben die meisten orthodoxen Philippiner, etwa anderthalbtausend, auf der Insel Mindanao.

Am 10. Februar 2016 fand im Außenkirchlichen Amt des Moskauer Patriarchats die erste Sitzung der Arbeitsgruppe zu Fragen der missionarischen Tätigkeit der Russisch-Orthodoxen Kirche auf den Philippinen statt.

Am 28. Dezember 2018 wurden die Gemeinden des Moskauer Patriarchats auf den Philippinen Teil des Patriarchalen Exarchats in Südostasien. Am 26. Februar 2019 wurde im Rahmen des Exarchats das Philippinisch-Vietnamesische Bistum gegründet.