Официальные отношения между Россией и Индонезией начались в конце XIX века, когда в Батавию, тогдашний административный центр Нидерландской Ост-Индии, был назначен российский консул М.М. Бакунин. Он провёл там несколько лет и по возвращении на родину написал книгу «Тропическая Голландия. Пять лет на острове Ява», которая до сих пор является ценным источником информации о истории, культуре, этнографии и филологии Индонезии.

Современные отношения с Индонезией начались после её провозглашения независимости 17 августа 1945 года. Первоначально они заключались в поддержке Индонезии в ООН в её национально-освободительной борьбе. Индонезия стала членом ООН 28 сентября 1950 года.

Дипломатические связи между странами начались 3 февраля 1950 года, когда Мохамад Хатта, премьер-министр Соединённых Штатов Индонезии, отправил телеграмму министру иностранных дел СССР А.Я. Вышинскому, выражая готовность начать переговоры об установлении дипломатических отношений.

После визита президента Сукарно в Россию началось активное сотрудничество, особенно в военной сфере. Однако после событий 1965 года, когда в Индонезии произошли антикоммунистические репрессии, отношения между странами заметно охладились.

Новый этап в отношениях начался в конце 80-х годов, когда президент Сухарто посетил СССР. С тех пор связи между Россией и Индонезией стали развиваться независимо от смены политического руководства в обеих странах.

В настоящее время послом Российской Федерации в Индонезии является Людмила Георгиевна Воробьева.