Les relations officielles entre la Russie et l'Indonésie ont commencé à la fin du XIXe siècle, lorsque M.M. Bakounine a été nommé consul russe à Batavia, alors centre administratif des Indes néerlandaises. Il y a passé plusieurs années et, à son retour au pays, a écrit le livre « Hollande tropicale. Cinq ans sur l'île de Java », qui reste une source précieuse d'informations sur l'histoire, la culture, l'ethnographie et la philologie de l'Indonésie.

Les relations modernes avec l'Indonésie ont commencé après sa proclamation d'indépendance le 17 août 1945. Au départ, elles consistaient à soutenir l'Indonésie à l'ONU dans sa lutte pour l'indépendance nationale. L'Indonésie est devenue membre de l'ONU le 28 septembre 1950.

Les relations diplomatiques entre les pays ont commencé le 3 février 1950, lorsque Mohamad Hatta, Premier ministre des États-Unis d'Indonésie, a envoyé un télégramme au ministre des Affaires étrangères de l'URSS A.Y. Vyshinsky, exprimant sa volonté de commencer des négociations pour établir des relations diplomatiques.

Après la visite du président Sukarno en Russie, une coopération active a commencé, notamment dans le domaine militaire. Cependant, après les événements de 1965, lorsque des répressions anti-communistes ont eu lieu en Indonésie, les relations entre les pays se sont considérablement refroidies.

Une nouvelle étape dans les relations a commencé à la fin des années 80, lorsque le président Suharto a visité l'URSS. Depuis lors, les liens entre la Russie et l'Indonésie se sont développés indépendamment des changements de direction politique dans les deux pays.

Actuellement, l'ambassadrice de la Fédération de Russie en Indonésie est Lyudmila Georgievna Vorobyova.