Offizielle Beziehungen zwischen Russland und Indonesien begannen Ende des 19. Jahrhunderts, als in Batavia, dem damaligen Verwaltungszentrum der Niederländischen Ostindien, der russische Konsul M.M. Bakunin ernannt wurde. Er verbrachte dort mehrere Jahre und schrieb nach seiner Rückkehr in die Heimat das Buch „Tropisches Holland. Fünf Jahre auf der Insel Java“, das bis heute eine wertvolle Informationsquelle über die Geschichte, Kultur, Ethnographie und Philologie Indonesiens ist.

Moderne Beziehungen zu Indonesien begannen nach der Proklamation ihrer Unabhängigkeit am 17. August 1945. Zunächst bestanden sie in der Unterstützung Indonesiens in der UNO in ihrem nationalen Befreiungskampf. Indonesien wurde am 28. September 1950 Mitglied der UNO.

Die diplomatischen Beziehungen zwischen den Ländern begannen am 3. Februar 1950, als Mohamad Hatta, der Premierminister der Vereinigten Staaten von Indonesien, ein Telegramm an den Außenminister der UdSSR A.J. Wyschinski sandte, in dem er seine Bereitschaft zum Ausdruck brachte, Verhandlungen über die Aufnahme diplomatischer Beziehungen aufzunehmen.

Nach dem Besuch von Präsident Sukarno in Russland begann eine aktive Zusammenarbeit, insbesondere im militärischen Bereich. Nach den Ereignissen von 1965, als in Indonesien antikommunistische Repressionen stattfanden, kühlten sich die Beziehungen zwischen den Ländern jedoch merklich ab.

Eine neue Phase in den Beziehungen begann Ende der 80er Jahre, als Präsident Suharto die UdSSR besuchte. Seitdem haben sich die Verbindungen zwischen Russland und Indonesien unabhängig von den politischen Führungen in beiden Ländern entwickelt.

Derzeit ist die Botschafterin der Russischen Föderation in Indonesien Lyudmila Georgievna Worobjewa.