Las relaciones oficiales entre Rusia e Indonesia comenzaron a finales del siglo XIX, cuando se nombró al cónsul ruso M.M. Bakunin en Batavia, entonces centro administrativo de las Indias Orientales Neerlandesas. Pasó allí varios años y, al regresar a su patria, escribió el libro "Holanda Tropical. Cinco años en la isla de Java", que sigue siendo una fuente valiosa de información sobre la historia, cultura, etnografía y filología de Indonesia.

Las relaciones modernas con Indonesia comenzaron tras su proclamación de independencia el 17 de agosto de 1945. Inicialmente, se centraron en el apoyo a Indonesia en la ONU en su lucha de liberación nacional. Indonesia se convirtió en miembro de la ONU el 28 de septiembre de 1950.

Las relaciones diplomáticas entre los países comenzaron el 3 de febrero de 1950, cuando Mohamad Hatta, primer ministro de los Estados Unidos de Indonesia, envió un telegrama al ministro de Relaciones Exteriores de la URSS A.Y. Vyshinsky, expresando su disposición a iniciar negociaciones para establecer relaciones diplomáticas.

Tras la visita del presidente Sukarno a Rusia, comenzó una cooperación activa, especialmente en el ámbito militar. Sin embargo, después de los eventos de 1965, cuando ocurrieron represiones anticomunistas en Indonesia, las relaciones entre los países se enfriaron notablemente.

Una nueva etapa en las relaciones comenzó a finales de los años 80, cuando el presidente Suharto visitó la URSS. Desde entonces, los lazos entre Rusia e Indonesia han continuado desarrollándose independientemente de los cambios en el liderazgo político en ambos países.

Actualmente, la embajadora de la Federación Rusa en Indonesia es Lyudmila Georgievna Vorobyova.