Монастырь был основан в 1681 году членами Даурской духовной миссии как подворье Селенгинского Троицкого монастыря на берегу озера Байкал, недалеко от места, где монголы племени Цысан-хана вероломно убили царского посла Ерофея Заболоцкого и его спутников.

Первая часовня монастыря была посвящена святителю Николаю Чудотворцу. В 1700 году освятили новый храм в честь иконы «Знамение» Пресвятой Богородицы, а в 1718 году построили деревянную Спасо-Преображенскую церковь.

После пожара 1769 года, уничтожившего почти все здания монастыря, началось строительство собора с нижним приделом в честь иконы «Знамение» Пресвятой Богородицы и верхним в честь Преображения Господня. Этот древнейший храм Бурятии был завершен в 1778 году.

В 1812 году освятили существующую до сих пор церковь во имя святителя Николая Чудотворца, а в 1820 году завершили строительство каменной ограды вокруг монастыря и заложили храм в честь святого апостола и Евангелиста Иоанна Богослова.

Близость монастыря к заливу Прорва с его морским портом привлекала до середины XIX века многих известных государственных и общественных деятелей, путешествующих из Прибайкалья в Забайкалье, Китай и Монголию. Российские дипломатические миссии уделяли особое внимание монастырю и его некрополю убиенных послов, принимая здесь иностранных послов.

С 1862 года в монастыре находился центр Забайкальской духовной миссии и епископская кафедра Селингинского викарства, которые в 1880 году перенесли в Читу.

В 1901 году монастырь был преобразован из мужского в женский.

После революции 1917 года монастырь закрыли, а в 1930-е годы все его сооружения, кроме двух храмов, были разобраны и вывезены.

В конце 1950-х годов разрушили световой этаж и купола Спасо-Преображенского собора. До регистрации здесь в 1995 году православного прихода, монастырь использовали как клуб, школу и больницу для психически больных детей.

19 апреля 2000 года Священный Синод Русской Православной Церкви решил возродить Спасо-Преображенский Посольский мужской монастырь на Байкале.

12 июля 2002 года в монастыре зазвонили новые колокола. С 18 июля 2002 года начались ремонтно-реставрационные работы на главном храме. Летом 2002 года археологические исследования выявили места захоронения убиенных послов, расположение часовен, каменной ограды со святыми вратами и башнями. Планируется восстановление всего монастырского комплекса.