El monasterio fue fundado en 1681 por miembros de la misión espiritual de Dauria como una dependencia del monasterio de la Trinidad de Selenginsk, a orillas del lago Baikal, cerca del lugar donde los mongoles de la tribu Tsisan-khan traicioneramente asesinaron al embajador del zar, Erofej Zabolotski, y a sus acompañantes.

La primera capilla del monasterio fue dedicada a San Nicolás el Milagroso. En 1700 se consagró un nuevo templo en honor del ícono "Znameniye" de la Santísima Virgen, y en 1718 se construyó la iglesia de madera de Spaso-Peregrino.

Después del incendio de 1769, que destruyó casi todos los edificios del monasterio, comenzó la construcción de una catedral con un altar inferior en honor del ícono "Znameniye" de la Santísima Virgen y un altar superior en honor de la Transfiguración del Señor. Este antiguo templo de Buriatia fue completado en 1778.

En 1812 se consagró la iglesia que aún existe en honor de San Nicolás el Milagroso, y en 1820 se completó la construcción de una cerca de piedra alrededor del monasterio y se fundó un templo en honor del apóstol y evangelista San Juan el Teólogo.

La cercanía del monasterio a la bahía de Prorva con su puerto marítimo atrajo hasta mediados del siglo XIX a muchos conocidos políticos y figuras públicas que viajaban de Pribaikalye a Zabaikalye, China y Mongolia. Las misiones diplomáticas rusas prestaron especial atención al monasterio y su necrópolis de embajadores asesinados, recibiendo aquí a embajadores extranjeros.

Desde 1862, el monasterio fue el centro de la misión espiritual de Zabaikalye y la sede episcopal del vicariato de Selenginsk, que en 1880 se trasladó a Chita.

En 1901, el monasterio fue transformado de masculino a femenino.

Después de la revolución de 1917, el monasterio fue cerrado, y en la década de 1930, todas sus estructuras, excepto dos templos, fueron desmanteladas y llevadas.

A finales de la década de 1950, se destruyó el piso de luz y las cúpulas de la catedral de Spaso-Peregrino. Hasta la registración aquí en 1995 de la parroquia ortodoxa, el monasterio fue utilizado como club, escuela y hospital para niños con enfermedades mentales.

El 19 de abril de 2000, el Santo Sínodo de la Iglesia Ortodoxa Rusa decidió revivir el Monasterio Masculino Spaso-Peregrino Embajador en Baikal.

El 12 de julio de 2002, sonaron nuevas campanas en el monasterio. Desde el 18 de julio de 2002, comenzaron los trabajos de reparación y restauración en el templo principal. En el verano de 2002, investigaciones arqueológicas revelaron los lugares de enterramiento de los embajadores asesinados, la ubicación de las capillas, la cerca de piedra con las puertas sagradas y torres. Se planea la restauración de todo el complejo monástico.