Le monastère a été fondé en 1681 par des membres de la mission spirituelle de Daurie comme dépendance du monastère de Selinga sur les rives du lac Baïkal, près de l'endroit où les Mongols de la tribu Tsisan-khan ont perfidement tué l'ambassadeur royal Erofei Zabolotsky et ses compagnons.

La première chapelle du monastère était dédiée à saint Nicolas le Thaumaturge. En 1700, un nouveau temple a été consacré en l'honneur de l'icône « Znamenié » de la Sainte Vierge, et en 1718, une église en bois Spaso-Préobrajenska a été construite.

Après l'incendie de 1769, qui a détruit presque tous les bâtiments du monastère, la construction d'une cathédrale a commencé, avec une chapelle inférieure en l'honneur de l'icône « Znamenié » de la Sainte Vierge et une chapelle supérieure en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur. Ce temple ancien de Bouriatie a été achevé en 1778.

En 1812, l'église actuelle au nom de saint Nicolas le Thaumaturge a été consacrée, et en 1820, la construction d'une clôture en pierre autour du monastère a été achevée et un temple en l'honneur de saint apôtre et évangéliste Jean l'Évangéliste a été fondé.

La proximité du monastère avec la baie de Prorva et son port maritime attirait jusqu'au milieu du XIXe siècle de nombreux hommes d'État et figures publiques célèbres, voyageant de la région du Baïkal vers le Transbaïkalie, la Chine et la Mongolie. Les missions diplomatiques russes prêtaient une attention particulière au monastère et à son nécropole des ambassadeurs tués, accueillant ici des ambassadeurs étrangers.

Depuis 1862, le monastère abritait le centre de la mission spirituelle de Transbaïkalie et le siège épiscopal du vicariat de Selinga, qui ont été transférés à Tchita en 1880.

En 1901, le monastère a été transformé d'un monastère masculin en un monastère féminin.

Après la révolution de 1917, le monastère a été fermé, et dans les années 1930, tous ses bâtiments, à l'exception de deux églises, ont été démolis et emportés.

À la fin des années 1950, le niveau de lumière et les dômes de la cathédrale Spaso-Préobrajenska ont été détruits. Avant l'enregistrement ici en 1995 d'une paroisse orthodoxe, le monastère a été utilisé comme club, école et hôpital pour enfants atteints de troubles mentaux.

Le 19 avril 2000, le Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe a décidé de ressusciter le monastère masculin Spaso-Préobrajenski de l'Ambassade au Baïkal.

Le 12 juillet 2002, de nouvelles cloches ont sonné au monastère. À partir du 18 juillet 2002, des travaux de réparation et de restauration ont commencé sur le temple principal. L'été 2002 a révélé, grâce à des recherches archéologiques, les lieux d'inhumation des ambassadeurs tués, l'emplacement des chapelles, de la clôture en pierre avec les portes sacrées et les tours. La restauration de l'ensemble du complexe monastique est prévue.