Das Kloster wurde 1681 von Mitgliedern der Daurischen geistlichen Mission als Außenstelle des Selenginsker Dreifaltigkeitsklosters am Ufer des Baikalsees gegründet, in der Nähe des Ortes, wo die Mongolen des Stammes Cysan-Khan den kaiserlichen Gesandten Jerofej Zabolotski und seine Begleiter heimtückisch ermordeten.

Die erste Kapelle des Klosters war dem heiligen Nikolaus von Myra geweiht. Im Jahr 1700 wurde ein neuer Tempel zu Ehren des Ikone „Znameniye“ der Heiligen Gottesmutter geweiht, und 1718 wurde die hölzerne Spaso-Transfiguration Kirche erbaut.

Nach dem Brand von 1769, der fast alle Gebäude des Klosters zerstörte, begann der Bau einer Kathedrale mit einem unteren Altar zu Ehren der Ikone „Znameniye“ der Heiligen Gottesmutter und einem oberen zu Ehren der Verklärung des Herrn. Dieser älteste Tempel Burjatiens wurde 1778 vollendet.

Im Jahr 1812 wurde die bis heute bestehende Kirche im Namen des heiligen Nikolaus von Myra geweiht, und 1820 wurde der Bau einer steinernen Umfriedung um das Kloster abgeschlossen und ein Tempel zu Ehren des heiligen Apostels und Evangelisten Johannes des Theologen gelegt.

Die Nähe des Klosters zur Bucht Prorva mit ihrem Seehafen zog bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts viele bekannte Staats- und Gesellschaftsvertreter an, die von Transbaikalien nach Transbaikalien, China und Mongolei reisten. Russische diplomatische Missionen schenkten dem Kloster und seinem Nekrolog der ermordeten Gesandten besondere Aufmerksamkeit und empfingen hier ausländische Gesandte.

Seit 1862 war das Kloster das Zentrum der Transbaikalischen geistlichen Mission und der Bischofssitz des Selenginsker Vikariats, die 1880 nach Tschita verlegt wurden.

Im Jahr 1901 wurde das Kloster von einem Männer- in ein Frauenkloster umgewandelt.

Nach der Revolution von 1917 wurde das Kloster geschlossen, und in den 1930er Jahren wurden alle seine Gebäude, außer zwei Kirchen, abgerissen und abtransportiert.

Ende der 1950er Jahre wurden das Lichtgeschoss und die Kuppeln der Spaso-Transfiguration Kathedrale zerstört. Bis zur Registrierung hier im Jahr 1995 der orthodoxen Gemeinde wurde das Kloster als Klub, Schule und Krankenhaus für psychisch kranke Kinder genutzt.

Am 19. April 2000 beschloss der Heilige Synod der Russisch-Orthodoxen Kirche, das Spaso-Transfiguration Botschafts-Männerkloster am Baikal wiederzubeleben.

Am 12. Juli 2002 läuteten im Kloster neue Glocken. Ab dem 18. Juli 2002 begannen die Renovierungs- und Restaurierungsarbeiten am Haupttempel. Im Sommer 2002 ergaben archäologische Untersuchungen die Orte der Gräber der ermordeten Gesandten, die Lage der Kapellen, der steinernen Umfriedung mit den heiligen Toren und Türmen. Es ist geplant, den gesamten Klosterkomplex wiederherzustellen.