В 1621 году архиепископ Киприан заложил первый деревянный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы в Верхотурье. Вероятно, его освятили в том же или следующем году. Однако храм был бедным, как отмечали монахини в челобитной царю Михаилу Романову в 1622 году: «колоколов, и книг, и образов нет, и купити нечем». Они просили царя помочь в обустройстве монастыря. Государство финансировало обитель, и просьба была принята: царь повелел воеводе Верхотурья обустроить монастырь.

Тем не менее, более двадцати лет спустя, в 1645 году, монахини жаловались, что храм все еще нуждается в ремонте. Воевода не обеспечивал церковь необходимым. В ответ на их челобитную царь приказал составить справку о состоянии монастыря и необходимых материалах для ремонта. Документы были отправлены в Москву, и в 1646 году царь санкционировал строительство нового храма. Работы выполняли уральские крестьяне в счет государственных повинностей.

Новый, более просторный храм вскоре был построен. Однако в 1650 или 1651 году пожар уничтожил его. Монахини обратились к царю Алексею Михайловичу с просьбой о помощи в строительстве нового храма. Царь согласился, и в 1651 году началось строительство новой церкви.

В 1660 году местные жители, такие как Терентий Сафронов, помогали монастырю. Третья церковь прослужила до 1684 года, когда стала слишком ветхой. В 1686 году началось строительство нового храма. В 1690 году при нем построили колокольню.

В 1692 году пожар уничтожил монастырь. В 1738 году очередной пожар уничтожил пятую церковь. Шестой храм был перенесен из мужского Николаевского монастыря в 1739 или 1740 году. В 1744 году началось строительство каменного храма, который сохранился до наших дней.

В 1754 году Максим Походяшин начал строительство нового каменного храма с колокольней, который стал архитектурной доминантой монастыря. В 1764 году указ о секуляризации привел к закрытию монастыря, но монахини продолжали жить при храмах.

Когда монастырь фактически прекратил существование, неизвестно. Возможно, это произошло в 1782 году. В середине XIX века вновь образовалась община женщин, стремящихся к монашеской жизни.

Покровская церковь, построенная в 1744 году, стала приходской после закрытия монастыря в 1782 году и была закрыта в 1929 году. В 1991 году церковь была возвращена и освящена в 1996 году, она действует и поныне.