En 1621, el arzobispo Cipriano fundó la primera iglesia de madera en honor a la Protección de la Santísima Virgen en Verkhoturye. Probablemente fue consagrada en ese mismo año o al siguiente. Sin embargo, la iglesia era pobre, como señalaron las monjas en una petición al zar Mijaíl Románov en 1622: «no hay campanas, ni libros, ni íconos, y no hay dinero para comprarlos». Pedían al zar ayuda para el establecimiento del monasterio. El estado financió la comunidad, y la petición fue aceptada: el zar ordenó al voivoda de Verkhoturye que organizara el monasterio.

Sin embargo, más de veinte años después, en 1645, las monjas se quejaron de que la iglesia aún necesitaba reparaciones. El voivoda no proporcionaba lo necesario para la iglesia. En respuesta a su petición, el zar ordenó elaborar un informe sobre el estado del monasterio y los materiales necesarios para la reparación. Los documentos fueron enviados a Moscú, y en 1646 el zar autorizó la construcción de una nueva iglesia. Los trabajos fueron realizados por campesinos de los Urales como parte de las obligaciones estatales.

Pronto se construyó una nueva iglesia más espaciosa. Sin embargo, en 1650 o 1651, un incendio la destruyó. Las monjas se dirigieron al zar Alexéi Mijáilovich pidiendo ayuda para la construcción de una nueva iglesia. El zar accedió, y en 1651 comenzó la construcción de la nueva iglesia.

En 1660, los habitantes locales, como Terenti Safronov, ayudaron al monasterio. La tercera iglesia sirvió hasta 1684, cuando se volvió demasiado deteriorada. En 1686 comenzó la construcción de una nueva iglesia. En 1690 se construyó un campanario junto a ella.

En 1692, un incendio destruyó el monasterio. En 1738, otro incendio destruyó la quinta iglesia. La sexta iglesia fue trasladada del monasterio masculino de Nicolás en 1739 o 1740. En 1744 comenzó la construcción de una iglesia de piedra, que ha perdurado hasta nuestros días.

En 1754, Maxim Poходяшин comenzó la construcción de una nueva iglesia de piedra con campanario, que se convirtió en la dominante arquitectónica del monasterio. En 1764, un decreto de secularización llevó al cierre del monasterio, pero las monjas continuaron viviendo en las iglesias.

No se sabe cuándo el monasterio dejó de existir de facto. Quizás ocurrió en 1782. A mediados del siglo XIX, se formó nuevamente una comunidad de mujeres que aspiraban a la vida monástica.

La iglesia de Pokrov, construida en 1744, se convirtió en parroquial tras el cierre del monasterio en 1782 y fue cerrada en 1929. En 1991, la iglesia fue devuelta y consagrada en 1996, y sigue en funcionamiento hasta hoy.