Монастырь располагался на левом берегу Волги, в 3 км выше Углича, в районе современной деревни Покровские Горки. Его основание относится к середине XV века. В конце 1460-х годов настоятелем стал Паисий Угличский. В конце XV века монастырь получил земельные пожалования от Андрея Большого в окрестностях города. На средства угличского князя в 1482 году был построен собор в честь Покрова Богородицы. Монастырь являлся значительным культурным центром региона, где работали артели иконописцев и существовали мастерские по производству икон и рукописных книг.

С начала XVI века, после смерти преподобного Паисия и обретения чудотворной иконы Покрова Богородицы, монастырь стал духовным центром и местом паломничества. В 1509 году по грамоте князя Дмитрия Жилки монастырю было передано сельцо Архангельское с деревнями. В 1534 году Иван IV и в 1585 году царевич Дмитрий предоставили монастырю значительные льготы. К концу XVI века монастырю принадлежали слобода на городской стороне и 36 сел с деревнями. В это время на его территории были построены каменная церковь Богоявления Господня, храм Николы Чудотворца и деревянная церковь Сергия Чудотворца. В 1609 году монастырь был разорен поляками, погибли игумен Антоний и 40 монахов. Восстановление началось около 1619 года.

В конце XVII века на территории монастыря была перестроена соборная церковь, возведена новая каменная Богоявленская церковь с трапезной, колокольня, начато строительство ограды с башнями. В 1692 году по грамоте патриарха Адриана в монастыре была учреждена архимандрития, первым архимандритом стал крестовый иеромонах патриарха, старец Макарий. Архимандрития была упразднена в 1764 году. В 1828-31 годах в монастыре построили колокольню высотой 30 м, в 1840-1842 годах перестроили придел Дмитрия Ростовского, в 1860 году возвели новое здание гостиницы. В монастыре находились также жилые и хозяйственные помещения, начальное двухклассное училище. Здесь были захоронены преподобный Паисий, Федор, Данила и Алексей Адашевы, местные церковные деятели.

Монастырь был упразднен в 1920-х годах. В 1935 году было принято решение о создании Угличского водохранилища, что привело к затоплению территории, где находился монастырь. В том же году началось строительство Угличской гидроэлектростанции и судоходного шлюза, а также подготовка территории водохранилища, включая массовую вырубку лесов и снос строений. Основные работы выполняли заключенные Волголага, среди которых были представители интеллигенции, духовенства и крестьянства. Кирпичи от разрушенных монастырских строений использовали в строительстве ГЭС и шлюза из-за их высокого качества.

В 1939 году началось наполнение чаши Угличского водохранилища, и вскоре воды поглотили место, где стоял монастырь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Это место, где трудились и молились многие русские святые, теперь скрыто под водой. Спасти монастырь можно было бы, обваловав территорию или изменив место строительства ГЭС, но Волжский каскад водохранилищ был создан, чтобы уничтожить русское духовное наследие, а выработка электроэнергии была лишь предлогом.

В 1997 году на берегу водохранилища в селе Покровские Горки был установлен поклонный крест в память о монастыре. Каждый год поздней осенью, когда уровень воды в водохранилище снижается, на поверхности появляются три небольших островка, символизирующие память о трех святых: Паисии, Адриане и Антоние.