El monasterio estaba ubicado en la orilla izquierda del Volga, a 3 km río arriba de Uglich, en la zona de la actual aldea de Pokrovskiye Gorki. Su fundación data de mediados del siglo XV. A finales de la década de 1460, el abad fue Paisio Uglichski. A finales del siglo XV, el monasterio recibió donaciones de tierras de Andrei el Grande en los alrededores de la ciudad. Con los fondos del príncipe de Uglich, en 1482 se construyó una catedral en honor a la Protección de la Madre de Dios. El monasterio era un importante centro cultural de la región, donde trabajaban talleres de iconografía y existían fábricas de íconos y libros manuscritos.

Desde principios del siglo XVI, tras la muerte del venerable Paisio y el hallazgo del ícono milagroso de la Protección de la Madre de Dios, el monasterio se convirtió en un centro espiritual y lugar de peregrinación. En 1509, por decreto del príncipe Dmitri Zhilka, se le otorgó al monasterio la aldea de Arkhangelsk con sus aldeas. En 1534, Iván IV y en 1585 el príncipe Dmitri otorgaron al monasterio importantes privilegios. A finales del siglo XVI, el monasterio poseía una colonia en el lado de la ciudad y 36 aldeas. En ese momento, se construyeron en su territorio la iglesia de piedra de la Epifanía del Señor, el templo de Nicolás el Milagroso y la iglesia de madera de Sergio el Milagroso. En 1609, el monasterio fue devastado por los polacos, y perecieron el igumen Antonio y 40 monjes. La restauración comenzó alrededor de 1619.

A finales del siglo XVII, se reconstruyó la iglesia catedral en el territorio del monasterio, se erigió una nueva iglesia de piedra de la Epifanía con refectorio, se construyó un campanario y se inició la construcción de una cerca con torres. En 1692, por decreto del patriarca Adriano, se estableció la archimandritía en el monasterio, siendo el primer archimandrita el ieromonje cruzado del patriarca, el anciano Macario. La archimandritía fue abolida en 1764. Entre 1828 y 1831 se construyó en el monasterio un campanario de 30 m de altura, entre 1840 y 1842 se reconstruyó la capilla de Dmitri de Rostov, y en 1860 se erigió un nuevo edificio para la posada. También había en el monasterio habitaciones residenciales y de servicio, así como una escuela primaria de dos clases. Aquí fueron enterrados el venerable Paisio, Fiódor, Danila y Alexéi Adashev, figuras eclesiásticas locales.

El monasterio fue abolido en la década de 1920. En 1935 se tomó la decisión de crear el embalse de Uglich, lo que llevó a la inundación del territorio donde se encontraba el monasterio. Ese mismo año comenzó la construcción de la central hidroeléctrica de Uglich y de la esclusa de navegación, así como la preparación del territorio del embalse, incluyendo la tala masiva de bosques y la demolición de edificios. Los trabajos principales fueron realizados por prisioneros de Volgolog, entre los cuales había representantes de la inteligencia, el clero y la campesinado. Los ladrillos de los edificios del monasterio destruidos se utilizaron en la construcción de la central hidroeléctrica y la esclusa debido a su alta calidad.

En 1939 comenzó el llenado del embalse de Uglich, y pronto las aguas absorbieron el lugar donde se erguía el monasterio en honor a la Protección de la Santísima Madre de Dios. Este lugar, donde trabajaron y oraron muchos santos rusos, ahora está oculto bajo el agua. Se podría haber salvado el monasterio, cerrando el territorio o cambiando el lugar de construcción de la central hidroeléctrica, pero el sistema de embalses del Volga fue creado para destruir el patrimonio espiritual ruso, y la producción de energía eléctrica fue solo una excusa.

En 1997, se erigió una cruz de oración en la orilla del embalse en la aldea de Pokrovskiye Gorki en memoria del monasterio. Cada año, a finales de otoño, cuando el nivel del agua en el embalse desciende, aparecen en la superficie tres pequeñas islas, simbolizando la memoria de los tres santos: Paisio, Adriano y Antonio.