Покровский монастырь был основан в 1708 году митрополитом Сампсоном из Астрахани. Дьяк Василий Кучуков, крупный астраханский откупщик, взял у митрополита тысячу рублей под залог своего сада, расположенного между рекой Кутум и притоком Луковки. Не сумев вернуть долг, Кучуков передал участок архиерею, который основал на этой земле монастырь. В том же году был построен каменный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы с колокольней. При храме поселились иноки из архиерейского дома, и, вероятно, тогда же была возведена каменная ограда монастыря. В 1763 году, при епископе Мефодии, в обители появились два новых храма: в честь преподобного Илариона Великого в южной башне и святителя Мефодия, патриарха Цареградского, в северо-восточной башне. В 1790 году монастырь стал самостоятельным. В 1806 и 1808 годах Астрахань пострадала от эпидемии чумы. Многие горожане искали убежище в Покровском монастыре, считая, что там болезнь отступает. Возле монастыря образовался лагерь, однако монахи, ухаживая за больными, сами заражались и умирали. В 1807 году больница была перенесена в монастырь, а оставшиеся монахи временно размещены в других обителях до сентября 1808 года, когда они вернулись в очищенный от чумы монастырь. В 1822 году Воскресенский Болдинский монастырь, из-за неудобного расположения на размываемом берегу, был объединён с Покровским под названием Покрово-Болдинского. В 1867 году храм Илариона был отремонтирован и освящён в честь великомученицы Варвары в память о супруге купца Иоакима Репина, на чьи средства был проведён ремонт. В 1893 году построили новый настоятельский корпус, а в 1903 году, новую колокольню. В 1900 и 1902 годах перестроили большую часть зданий монастыря. В 1908 году освятили новый храм на месте старого, в честь святителя Мефодия, преподобного Сампсона Странноприимца и великомученицы Екатерины, покровительницы купчихи Е. Ф. Башкиной, на чьи средства он был построен. Главной святыней монастыря была чудотворная икона Покрова Пресвятой Богородицы. В годы эпидемии многие исцелились от чумы после молитвы перед ней. Известны случаи избавления от саранчи после крестных ходов с этой иконой. Жители Астрахани носили икону по домам для освящения и молитвы.

Во время Первой мировой войны в монастыре открыли госпиталь на 30 мест и приютили 26 беженцев. По благословению митрополита Ионы Карпухина восстановление монастыря поддержал Иоанно-Предтеченский монастырь. 14 мая 2011 года на Екатерининский храм установили первый синий купол и крест. 6 июля 2012 года иеромонах Антоний Азизов отслужил молебен в Екатерининской церкви. 11 мая 2013 года в храме прошла первая после закрытия монастыря Божественная литургия. В том же году состоялись богослужения на Покров и престольный праздник Екатерининского храма. 14 марта 2014 года Иоанно-Предтеченский монастырь обратился к властям с просьбой передать здания Покрово-Болдинского монастыря, ранее принадлежавшие Астраханской епархии. В конце Великого поста 2015 года на Екатерининскую церковь установили новый золотой купол с крестом. 7 декабря 2015 года в храме состоялась архиерейская литургия под руководством митрополита Ионы Карпухина. Осенью 2016 года здание храма великомученицы Екатерины передали Иоанно-Предтеченскому монастырю, и в честь этого события была заложена дубовая аллея.