Das Pokrowski-Kloster wurde 1708 von Metropolit Sampson aus Astrachan gegründet. Der Diakon Wassili Kutschukow, ein bedeutender Astrachaner Steuerpächter, nahm beim Metropoliten tausend Rubel gegen die Hypothek seines Gartens, der zwischen dem Fluss Kutum und dem Nebenfluss Lukowka lag. Da er die Schulden nicht zurückzahlen konnte, übergab Kutschukow das Grundstück dem Erzbischof, der auf diesem Land das Kloster gründete. Im selben Jahr wurde eine steinerne Kirche zu Ehren des Schutzes der Heiligen Gottesmutter mit einem Glockenturm erbaut. Im Kloster ließen sich Mönche aus dem Erzbischofshaus nieder, und wahrscheinlich wurde auch zu dieser Zeit die steinerne Umfriedung des Klosters errichtet. 1763, unter Bischof Mephodij, wurden zwei neue Kirchen im Kloster errichtet: zu Ehren des heiligen Ilarion des Großen im südlichen Turm und des Heiligen Mephodij, Patriarchen von Konstantinopel, im nordöstlichen Turm. 1790 wurde das Kloster unabhängig. In den Jahren 1806 und 1808 litt Astrachan unter einer Pestepidemie. Viele Bürger suchten Zuflucht im Pokrowski-Kloster, da sie glaubten, dass die Krankheit dort zurückweicht. In der Nähe des Klosters entstand ein Lager, jedoch infizierten sich die Mönche, die sich um die Kranken kümmerten, selbst und starben. 1807 wurde das Krankenhaus ins Kloster verlegt, und die verbleibenden Mönche wurden bis September 1808 vorübergehend in anderen Klöstern untergebracht, als sie in das von der Pest gereinigte Kloster zurückkehrten. 1822 wurde das Woskresenski-Bolddin-Kloster aufgrund seiner ungünstigen Lage an einem erodierenden Ufer mit dem Pokrowski-Kloster unter dem Namen Pokrowo-Bolddin-Kloster vereinigt. 1867 wurde die Kirche des Ilarion renoviert und zu Ehren der heiligen Märtyrerin Barbara geweiht, zum Gedenken an die Frau des Kaufmanns Joakim Repin, dessen Mittel für die Renovierung verwendet wurden. 1893 wurde ein neuer Abtshaus gebaut, und 1903 ein neuer Glockenturm. In den Jahren 1900 und 1902 wurde der größte Teil der Klostergebäude umgebaut. 1908 wurde eine neue Kirche anstelle der alten zu Ehren des Heiligen Mephodij, des heiligen Sampson von Stranoprijimets und der heiligen Märtyrerin Katharina, der Schutzpatronin der Kaufmannsfrau E. F. Bashkina, die sie finanziert hatte, geweiht. Die Hauptheiligkeit des Klosters war das wundertätige Ikone des Schutzes der Heiligen Gottesmutter. In den Jahren der Epidemie wurden viele von der Pest geheilt, nachdem sie vor ihr gebetet hatten. Es sind Fälle bekannt, in denen Menschen nach Prozessionen mit diesem Ikone von Heuschrecken befreit wurden. Die Bewohner von Astrachan trugen das Ikone in ihre Häuser zur Segnung und zum Gebet.

Während des Ersten Weltkriegs wurde im Kloster ein Krankenhaus mit 30 Betten eröffnet und 26 Flüchtlinge aufgenommen. Mit dem Segen von Metropolit Ionas Karpuchin unterstützte das Johannes-der-Vorläufer-Kloster die Wiederherstellung des Klosters. Am 14. Mai 2011 wurde die erste blaue Kuppel und das Kreuz auf die Katharinenkirche gesetzt. Am 6. Juli 2012 hielt der Hieromönch Antonij Azizov einen Gottesdienst in der Katharinenkirche ab. Am 11. Mai 2013 fand in der Kirche die erste Göttliche Liturgie nach der Schließung des Klosters statt. Im selben Jahr fanden Gottesdienste zum Pokrow und zum Patronatsfest der Katharinenkirche statt. Am 14. März 2014 wandte sich das Johannes-der-Vorläufer-Kloster an die Behörden mit der Bitte, die Gebäude des Pokrowo-Bolddin-Klosters, die zuvor der Astrachaner Diözese gehörten, zu übertragen. Am Ende der Großen Fastenzeit 2015 wurde eine neue goldene Kuppel mit einem Kreuz auf die Katharinenkirche gesetzt. Am 7. Dezember 2015 fand in der Kirche eine Erzbischofsliturgie unter der Leitung von Metropolit Ionas Karpuchin statt. Im Herbst 2016 wurde das Gebäude der Kirche der heiligen Märtyrerin Katharina dem Johannes-der-Vorläufer-Kloster übergeben, und zu Ehren dieses Ereignisses wurde eine Eichenallee gepflanzt.