Le monastère Pokrovsky a été fondé en 1708 par le métropolite Sampson d'Astrakhan. Le diacre Vasily Kuchukov, un important entrepreneur d'Astrakhan, a emprunté mille roubles au métropolite en mettant en gage son jardin, situé entre la rivière Kutum et le ruisseau Lukovka. Ne parvenant pas à rembourser sa dette, Kuchukov a cédé le terrain à l'archevêque, qui a fondé un monastère sur cette terre. La même année, une église en pierre a été construite en l'honneur de la Protection de la Sainte Vierge avec un clocher. Des moines se sont installés près de l'église, et probablement à cette époque, une clôture en pierre a également été érigée autour du monastère. En 1763, sous l'évêque Méthode, deux nouvelles églises ont été ajoutées à la communauté : en l'honneur du saint Hilarion le Grand dans la tour sud et en l'honneur du saint Méthode, patriarche de Constantinople, dans la tour nord-est. En 1790, le monastère est devenu autonome. En 1806 et 1808, Astrakhan a souffert d'une épidémie de peste. De nombreux citadins cherchaient refuge dans le monastère Pokrovsky, croyant que la maladie y reculait. Un camp s'est formé près du monastère, mais les moines, en s'occupant des malades, tombaient eux-mêmes malades et mouraient. En 1807, l'hôpital a été transféré au monastère, et les moines restants ont été temporairement logés dans d'autres communautés jusqu'en septembre 1808, lorsqu'ils sont revenus dans le monastère purgé de la peste. En 1822, le monastère de Voskresensky Boldinsky, en raison de son emplacement peu pratique sur une berge érodée, a été fusionné avec le monastère Pokrovsky sous le nom de monastère Pokrovo-Boldinsky. En 1867, l'église d'Hilarion a été rénovée et consacrée en l'honneur de la grande martyre Barbara en mémoire de l'épouse du marchand Joakim Repine, qui a financé les travaux. En 1893, un nouveau bâtiment pour le supérieur a été construit, et en 1903, un nouveau clocher. En 1900 et 1902, la plupart des bâtiments du monastère ont été reconstruits. En 1908, une nouvelle église a été consacrée à l'emplacement de l'ancienne, en l'honneur du saint Méthode, du saint Sampson l'Hospitalier et de la grande martyre Catherine, la patronne de la marchande E. F. Bashkina, qui a financé sa construction. La principale relique du monastère était l'icône miraculeuse de la Protection de la Sainte Vierge. Pendant les épidémies, de nombreuses personnes ont été guéries de la peste après avoir prié devant elle. Des cas de délivrance de la sauterelle après des processions avec cette icône sont connus. Les habitants d'Astrakhan portaient l'icône dans leurs maisons pour la bénédiction et la prière.

Pendant la Première Guerre mondiale, un hôpital de 30 lits a été ouvert dans le monastère et 26 réfugiés ont été accueillis. Avec la bénédiction du métropolite Ionas Karpukhin, la restauration du monastère a été soutenue par le monastère de Jean-Baptiste. Le 14 mai 2011, le premier dôme bleu et la croix ont été installés sur l'église Catherine. Le 6 juillet 2012, le hiéromoine Antoine Azizov a célébré un service dans l'église Catherine. Le 11 mai 2013, la première Divine Liturgie a eu lieu dans l'église après la fermeture du monastère. La même année, des services religieux ont eu lieu pour la Protection et la fête patronale de l'église Catherine. Le 14 mars 2014, le monastère de Jean-Baptiste a demandé aux autorités de transférer les bâtiments du monastère Pokrovo-Boldinsky, auparavant appartenant à l'évêché d'Astrakhan. À la fin du Grand Carême 2015, un nouveau dôme doré avec une croix a été installé sur l'église Catherine. Le 7 décembre 2015, une liturgie archiépiscopale a eu lieu dans l'église sous la direction du métropolite Ionas Karpukhin. À l'automne 2016, le bâtiment de l'église de la grande martyre Catherine a été transféré au monastère de Jean-Baptiste, et à cette occasion, une allée de chênes a été plantée.