El monasterio Pokrovsky fue fundado en 1708 por el metropolitano Sampson de Astracán. El diácono Vasili Kuchukov, un importante arrendatario de Astracán, tomó mil rublos del metropolitano como garantía de su jardín, ubicado entre el río Kutum y el afluente Lukovka. Al no poder devolver la deuda, Kuchukov cedió el terreno al arzobispo, quien fundó un monasterio en esta tierra. Ese mismo año se construyó una iglesia de piedra en honor a la Protección de la Santísima Virgen María con un campanario. En la iglesia se establecieron monjes de la casa arzobispal, y probablemente, también se erigió el muro de piedra del monasterio. En 1763, bajo el obispo Mefodiy, aparecieron dos nuevas iglesias en la comunidad: en honor al venerable Ilarión el Grande en la torre sur y al santo Mefodiy, patriarca de Constantinopla, en la torre noreste. En 1790, el monasterio se volvió independiente. En 1806 y 1808, Astracán sufrió una epidemia de peste. Muchos ciudadanos buscaron refugio en el monasterio Pokrovsky, creyendo que allí la enfermedad retrocedía. Se formó un campamento cerca del monasterio, sin embargo, los monjes, cuidando a los enfermos, se contagiaban y morían. En 1807, el hospital fue trasladado al monasterio, y los monjes restantes fueron temporalmente alojados en otras comunidades hasta septiembre de 1808, cuando regresaron al monasterio, ya libre de peste. En 1822, el monasterio Voskresensky Boldinski, debido a su ubicación inconveniente en una orilla erosionada, fue fusionado con el monasterio Pokrovsky bajo el nombre de Pokrovo-Boldinski. En 1867, la iglesia de Ilarión fue reparada y consagrada en honor a la gran mártir Bárbara en memoria de la esposa del comerciante Ioakim Repin, cuyos fondos se utilizaron para la reparación. En 1893 se construyó un nuevo edificio para el superior, y en 1903, un nuevo campanario. En 1900 y 1902 se reconstruyó la mayor parte de los edificios del monasterio. En 1908 se consagró una nueva iglesia en el lugar de la antigua, en honor al santo Mefodiy, al venerable Sampson el Hospitalario y a la gran mártir Catalina, patrona de la comerciante E. F. Bashkina, cuyos fondos se utilizaron para su construcción. La principal reliquia del monasterio era la icono milagrosa de la Protección de la Santísima Virgen María. Durante los años de la epidemia, muchos se curaron de la peste después de orar ante ella. Se conocen casos de liberación de langostas después de procesiones con esta icono. Los habitantes de Astracán llevaban la icono a sus casas para la bendición y la oración.

Durante la Primera Guerra Mundial, se abrió un hospital en el monasterio con 30 camas y se acogió a 26 refugiados. Con la bendición del metropolitano Ionas Karpukhin, el monasterio Ioanno-Predtechensky apoyó la restauración del monasterio. El 14 de mayo de 2011 se instaló la primera cúpula azul y cruz en la iglesia de Catalina. El 6 de julio de 2012, el hieromonje Antoniy Azizov celebró un moleben en la iglesia de Catalina. El 11 de mayo de 2013, se celebró la primera Divina Liturgia en la iglesia después del cierre del monasterio. Ese mismo año se llevaron a cabo servicios religiosos en la Protección y la festividad del altar de la iglesia de Catalina. El 14 de marzo de 2014, el monasterio Ioanno-Predtechensky se dirigió a las autoridades con la solicitud de transferir los edificios del monasterio Pokrovo-Boldinski, que anteriormente pertenecieron a la diócesis de Astracán. Al final de la Gran Cuaresma de 2015, se instaló una nueva cúpula dorada con cruz en la iglesia de Catalina. El 7 de diciembre de 2015, se celebró una liturgia arquidiocesana bajo la dirección del metropolitano Ionas Karpukhin. En otoño de 2016, el edificio de la iglesia de la gran mártir Catalina fue transferido al monasterio Ioanno-Predtechensky, y en honor a este evento se plantó una avenida de robles.