Печорский историко-краеведческий музей начал свою деятельность 31 июля 1969 года как общественный музей, основанный Петром Ивановичем Терентьевым. Первая выставка, названная «Ляпинский хлеб», была посвящена событиям гражданской войны на Печоре. В 1973 году музей переехал в двухэтажное здание на улице Советской, 33, где находится и сейчас.

Официальное открытие музея состоялось 29 июня 1975 года. В 1977 году он получил статус государственного учреждения и стал филиалом Коми республиканского историко-краеведческого музея. В 1993 году музей стал самостоятельным и перешел в ведение муниципалитета.

Музей активно развивает новые направления, связанные с цифровыми технологиями, создавая электронные справочники и каталоги. Среди них: «Архив памяти», база данных о печорцах, участниках Великой Отечественной войны, исторический путеводитель «Сто улиц Печоры», персональный каталог, посвященный 70-летию со дня рождения М.Я. Булгаковой и другие.

Проектная деятельность музея приобретает все большее значение. Реализованы проекты «К гражданскому обществу через просвещение молодежи», совместно с городской администрацией и общественными организациями, проект по развитию этнотуризма на Среднем Припечорье «Печора, золотые берега», «Виртуальный музей ГУЛАГа», а также проект с обществом «Мемориал».

С 1990-х годов формируется фонд произведений местных художников и мастеров декоративно-прикладного искусства, который насчитывает 183 единицы. В музейном собрании важное место занимает коллекция предметов участников Великой Отечественной войны, включая фронтовые письма, фотографии и извещения о гибели. Особую ценность представляют карточки учета мобилизованных в Красную Армию, переданные музею Печорским горвоенкоматом (56 000 единиц).

Также стоит отметить фонд общества «Мемориал», который собирает материалы по истории политических репрессий в Печорском районе. В этой коллекции выделяется Кедровошорский архив, содержащий документы сельхозлага поселка Кедровый Шор Печорского района 40-50-х годов (более 2 000 единиц).

Большая часть фондов составлена из материалов по истории города, промышленных и транспортных предприятий, а также о жителях города и района. В связи с реорганизацией некоторых предприятий закрылись общественные и ведомственные музеи, и материалы музея Печорстроя, музея ВПТУ БУПа, музея истории Печорской милиции, школьного музея села Приуральское были переданы в фонды музея. В конце 80-х годов музею передали материалы музея деревни Бызовая, закрытого из-за неподходящих условий хранения.