В Эстонии единственный памятник Пирогову расположен в Тарту на холме Тоомемяги. Его открытие состоялось в декабре 1952 года. Парк, где установлен монумент, пользуется популярностью у студентов, которые с приходом весны собираются у его подножия. Рядом находится университет, где в XIX веке выдающийся русский медик делился знаниями с будущими врачами. После открытия памятника в Тарту появилась пословица: "Птицы прилетают, значит, весна пришла". В Тарту она звучит как "Студенты собираются, значит, весна пришла", поскольку студенты медицинского университета часто собираются у памятника Пирогову.

Созданием памятника занималась группа скульпторов: Й. Раудсепп, П. Тарвас, А. Вольберг и М. Мельдер, однако в путеводителях чаще упоминается только Раудсепп.

Памятник представляет собой бюст хирурга, установленный на высоком гранитном постаменте. На постаменте указаны годы жизни Николая Ивановича и его имя на русском языке. В нижней части второго сектора постамента размещён герб с медицинской символикой.