En Estonia, el único monumento a Pirogov se encuentra en Tartu, en la colina Toomemägi. Su inauguración tuvo lugar en diciembre de 1952. El parque donde se erige el monumento es popular entre los estudiantes, quienes, con la llegada de la primavera, se reúnen a sus pies. Cerca se encuentra la universidad, donde en el siglo XIX el destacado médico ruso compartía sus conocimientos con futuros médicos. Tras la inauguración del monumento, en Tartu surgió el refrán: "Las aves llegan, significa que ha llegado la primavera". En Tartu suena como "Los estudiantes se reúnen, significa que ha llegado la primavera", ya que los estudiantes de la universidad de medicina a menudo se congregan junto al monumento a Pirogov.

La creación del monumento fue llevada a cabo por un grupo de escultores: J. Raudsepp, P. Tarvas, A. Volberg y M. Melder, aunque en las guías turísticas se menciona más frecuentemente a Raudsepp.

El monumento consiste en un busto del cirujano, erigido sobre un alto pedestal de granito. En el pedestal se indican los años de vida de Nikolai Ivanovich y su nombre en ruso. En la parte inferior del segundo sector del pedestal se encuentra un escudo con simbolismo médico.