Осенью 1918 года большевики вывезли приговоренных к смерти на берег Финского залива. Перед казнью протоиерей Философ, поддерживая более тридцати офицеров, сказал: «Ничего, ко Господу идем. Примите мое пастырское благословение и послушайте святые молитвы». Затем он встал на колени и спокойно прочитал молитвы на исход души.

Философ, имевший десять детей, жил скромно. Хотя он занимал множество общественных должностей во славу Божию, они не приносили дохода. В качестве Председателя комитетов по строительству храмов он управлял большими суммами, но давал частные уроки, чтобы содержать семью.

Его арестовали в августе 1918 года вместе с сыновьями Николаем, военным врачом, и Борисом, штабс-капитаном артиллерии. Прихожане требовали освободить священника, но власти перевезли его с сыновьями из Петрограда в Кронштадт.

30 октября 1918 года о. Философ был расстрелян вместе с сыновьями и другими офицерами. Место казни находилось недалеко от Финского залива между Лиговом и Ораниенбаумом.

Перед расстрелом у о. Философа спросили, кого убить первым: его или сыновей. Он ответил: «Сыновей». Пока их расстреливали, он молился на коленях. Взвод красноармейцев отказался стрелять в священника. Тогда позвали китайцев, но и они, устрашенные его духовной силой, отказались. В итоге комиссар подошел к нему и выстрелил в упор из револьвера. Тела сбросили в Финский залив.