En otoño de 1918, los bolcheviques llevaron a los condenados a muerte a la orilla del Golfo de Finlandia. Antes de la ejecución, el protoiereo Filósofo, apoyando a más de treinta oficiales, dijo: «No hay nada, vamos al Señor. Reciban mi bendición pastoral y escuchen las sagradas oraciones». Luego se arrodilló y leyó tranquilamente las oraciones por la salida del alma.

Filósofo, que tenía diez hijos, vivía modestamente. Aunque ocupó numerosos cargos públicos en gloria de Dios, no generaban ingresos. Como Presidente de los comités de construcción de iglesias, administraba grandes sumas, pero daba clases particulares para mantener a su familia.

Fue arrestado en agosto de 1918 junto con sus hijos Nikolai, médico militar, y Boris, capitán de artillería. Los feligreses exigieron la liberación del sacerdote, pero las autoridades lo trasladaron con sus hijos de Petrogrado a Kronstadt.

El 30 de octubre de 1918, el p. Filósofo fue fusilado junto con sus hijos y otros oficiales. El lugar de la ejecución estaba cerca del Golfo de Finlandia, entre Ligovo y Oranienbaum.

Antes de la ejecución, se le preguntó al p. Filósofo a quién debían matar primero: a él o a sus hijos. Respondió: «A los hijos». Mientras los fusilaban, él oraba de rodillas. Un pelotón de soldados rojos se negó a disparar contra el sacerdote. Entonces llamaron a los chinos, pero ellos, asustados por su fuerza espiritual, también se negaron. Al final, el comisario se acercó a él y le disparó a quemarropa con un revólver. Los cuerpos fueron arrojados al Golfo de Finlandia.