À l'automne 1918, les bolcheviks ont emmené les condamnés à mort sur les rives du golfe de Finlande. Avant l'exécution, le prêtre Philosophe, soutenant plus de trente officiers, a dit : « Rien, nous allons vers le Seigneur. Recevez ma bénédiction pastorale et écoutez les saintes prières. » Puis il s'est agenouillé et a calmement récité des prières pour le départ de l'âme.

Philosophe, père de dix enfants, vivait modestement. Bien qu'il ait occupé de nombreux postes publics pour la gloire de Dieu, ceux-ci ne rapportaient pas de revenus. En tant que président des comités de construction d'églises, il gérait de grosses sommes, mais donnait des cours particuliers pour subvenir aux besoins de sa famille.

Il a été arrêté en août 1918 avec ses fils Nicolas, médecin militaire, et Boris, capitaine d'artillerie. Les paroissiens ont exigé la libération du prêtre, mais les autorités l'ont transféré avec ses fils de Petrograd à Kronstadt.

Le 30 octobre 1918, le père Philosophe a été fusillé avec ses fils et d'autres officiers. Le lieu de l'exécution se trouvait près du golfe de Finlande, entre Ligovo et Oranienbaum.

Avant l'exécution, on a demandé au père Philosophe qui devait être tué en premier : lui ou ses fils. Il a répondu : « Mes fils ». Pendant qu'ils étaient fusillés, il priait à genoux. Un peloton de soldats rouges a refusé de tirer sur le prêtre. On a alors fait appel à des Chinois, mais eux aussi, intimidés par sa force spirituelle, ont refusé. Finalement, le commissaire s'est approché de lui et a tiré à bout portant avec un revolver. Les corps ont été jetés dans le golfe de Finlande.