До строительства каменного Богоявленского Собора в монастыре уже существовал деревянный храм с трапезной, посвященный святому Николаю Мирликийскому чудотворцу. Согласно монастырской описи 1629-1630 годов, помимо Богоявленского Собора, в монастыре находился храм с трапезной Николы Чудотворца, архимандричья келья, десять братских келий, где проживали двадцать семь черноризцев, четыре пустые кельи, хлебня, поварня, ледник, три житницы, воротная изба и деревянная ограда.

Сегодня дорога к монастырю ведет прямо к надвратной Никольской церкви, окруженной двумя башнями, сохранившимися с первоначальной постройки 1691 года. Каменная церковь, возведенная в 1685 году на средства ростовских помещиков, стольников Мещериновых, была серьезно повреждена пожарами 1730 и 1826 годов. Ее перестроили под руководством архитектора П.Я. Панькова в период с 1826 по 1837 годы. В это же время была возведена колокольня в стиле классицизма, а на западном фасаде появился классический портик.